前言整理这个专题的缘由，是在朋友圈看到的求助信息。于是我想把我之前了解或者是做过的一些东西整理一下。 Q1: 哪个TF（转录因子）调控了我的基因集？假设你有一个genelist: Gene1
Gene2
Gene3
Gene4
... 这个genelist可以有很多来源，可以是RNASeq的差异基因，也可以是其他的，等等。你很好奇这个genelist是被哪些TF调控的，有三个方法。 A1: cistrome-LISA
原文答案参考来源：https://mp.weixin.qq.com/s/DI8fxtKSuZ_LemxhFznSDg
LISA网址：http://lisa./ 
听说LISA的时候，我还没毕业，以旁听生身份参加了一次亚洲冷泉港会议，一位来自同济的Ph.D. Student做poster展示。如今发表在GB上，以cistrome db为基础，进行的预测，可以说可信度较高。
这个方法原文答案已经很详细了，我就不当搬运工了。
A2: TF富集分析
LISA没出之前，用Y叔的clusterprofiler的enricher做的，TF的数据是从TRRUST（https://www./trrust/）下载的。懂点生信的人可以用这个方法。网上也有类似的教程。clusterprofiler的enricher应用广泛，可以但不局限于GO/KEGG（有专门的function），以及上面提到的TF。只要你有用于富集分析的背景数据。不懂编程请看A3。
A3: TRRUST的2.Find key regulators for query genes
TRRUST（https://www./trrust/）
以上，仅作参考。
Q2: 我想看我的TF调控了哪些gene?A：查看转录因子数据库
这个举一个列子，Q1提到的TRRUST数据库，只支持human和mouse。Search界面输入TF name即可，Download提供所有TF的下载链接。
Q3: 有没有生物分子互作数据库？A：接触过一个，BioGRID(The Biological General Repository for Interaction Datasets)
BioGRID网址：https:///
记录蛋白与基因的互作信息。可以通过By Identifier 和 By Publication。
 Q4: 我有一个genelist，想知道它们的功能以及其他一些注释信息A1: metascape
网址：http:///
Express Analysis 和 Custom Analysis区别在于你的gene有没有表达谱数据，有的话可以做Express Analysis。没有就 Custom Analysis，选一下物种。然后跳转到如下界面：
选择Annotation后：
勾选想要的信息，点一下Apply
然后点击Analysis Report Page:
根据需要下载Excel表格或是ppt，或是zip压缩文件。
A2: DAVID
没能打开，先空着吧。不是很推荐这个。
成功打开了。网址：https://david./ 
我不得不吐槽这网址的风格真的是丑瞎眼睛啊。
看最左边的框框，可以看到网站支持的四个功能，Functional Annotation, Gene Functional Classification, Gene ID Conversion, Gene Name Batch Viewer。
总体来说，体验太差。
GO分析使用教程：
Step1: 进入Functional Annotation界面
Step2：在Upload处粘贴genelist，选择GeneID的类型，常见的有ENSEMBL_GENE_ID和ENTREZ_GENE_ID，再选择是Gene List, 然后Submit。
为什么存在Background选项？
答：Background 即背景基因集，就是你的Genelist需要比较的对象，一般默认是全基因组中的所有基因。也有的使用的是技术平台所能检测到的基因，或者是包含可能阳性结果的基因。 
Step3: Submit后会跳转到List界面，我这里用Demolist1演示。这里我们可以看到Annotation Summary Results了。看到第三个Gene_Ontology了没，就是GO的结果了。
点一下，出现下面的结果，有点和常见的不太一样？看见那个Chart了吗？再点一下。
新弹出的窗口是不是就是你熟悉的了？
OK，到此结束。
Q5: 我有genename，怎么找promoter？A：EPD数据库
网址：https://epd./index.php
输入gene name
结果可跳转到UCSC genome 浏览器，getFASTA可以拿到fasta序列。UCSC genome 浏览器也可以用于查找特定位置的基因组序列。
UCSC genome browser: http://genome-asia./cgi-bin/hgGateway
Q6: 有没有细胞marker数据库？
A：有， cellmarker。
网址：http://biocc./CellMarker/
支持human和mouse。
Q7:分子实验中需要的常用计算（如连接反应中插入片段与载体的摩尔比例）不懂怎么办？
A：NEB的BioCalculator。
Q8:有没有什么工具可以求两个genelist的overlap?
A:可以用Venny。
Venny：https://bioinfogp.cnb./tools/venny/
最多可以做四个list哦。 Q9：在线多序列比对及保守序列作图有哪些工具？教程原文：http://www./cosnerved-sequence/ Stan的教程写得很详尽了，故先列出来。 除去教程中提到的EBI的Clustal Omega，还有其他的网页工具可以进行多序列比对。 ExPASy ClustalW：https://embnet./software/ClustalW.html PBIL CLUSTALW： https://npsa-prabi./cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_clustalw.html 我们可以看出使用的都是Clustal工具。一般提到序列比对，第一个想到的是BLAST。就我的理解，BLAST针对的是一对多，用于找出数据库中与目的序列最佳的局部比对序列。而ClustalW则是多对多，用的是全局比对。 多序列比对工具除了Clustal，还有TCOFFEE，MUSCLE。没接触过，就不详细展开了。 WUR T-Coffee: http://tcoffee.t/apps/tcoffee/index.html T-Coffee: http://www./tools/t_coffee.html EBI T-Coffee：https://www./Tools/msa/tcoffee/ EBI MUSCLE: https://www./Tools/msa/muscle/ MAFFT：https://mafft./alignment/server/index.html EBI MAFFT：https://www./Tools/msa/mafft/ 就网站界面来看，EBI应该是最友好的，汇总也很全。 网址：https://www./Tools/msa/ Q10：在线画个Sequence logo图A sequence logo is a graphical representation of an amino acid or nucleic acid multiple sequence alignment. Weblogo: http://weblogo./logo.cgi 随手画了个图看看： 升级版 Weblogo3: http://weblogo./ 2020年4月30日更新。 PS: 知乎这不兼容的编辑器啊，我从语雀复制过来，还得重新排版。 语雀原文：https://www./docs/share/7f3362b6-b7e1-49fd-8d56-07f34615084c?#
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