【原】​重磅推荐！免费在线分析与绘图神器分享

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有了这些工具，不会编程也能做生信

随着组学研究日趋成熟与完善，生物信息学数据可视化显得尤为重要！不会R语言的小白该如何绘制炫目多彩的生信相关图片呢？今天半夏给大家分享一些免费、实用的生信数据可视化与模式图、流程图绘图神器给大家！

在线神器的优点有：

1. 免费且不依赖电脑操作系统、无需安装，一个浏览器即可实现高质量的绘图；

2. 无需编程基础，阅读说明即可绘图；

3. 可绘制图像种类多，可导出矢量图；

4. 高效，节省时间。

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微生信在线生物信息学数据可视化

微生信目前能做文献中常见的50多种生信相关矢量图，其网址为：http://www./ 。

微生信可以绘制多种图形，界面左侧显示能作的图形种类，右侧是具体图形：

微生信能够作的生信图形种类实在太多，我给大家举几个例子抛砖引玉！

（1）聚类热图

点击聚类热图进入绘图界面：

输入数据，首行为group名字，第二行为样品名字，其余为数据（其中第一列是基因名），设置图像大小、字体大小：

设置聚类热图的其他参数，点击提交即可得到漂亮的聚类热图：

得到的热图如下，保存图片时默认svg矢量图，在生成的图上点击鼠标右键，在弹出的窗口中选择另存为（直接是svg格式文件，文件后缀不用改）：

（2）GO富集弦图（GO chord plot）

GO富集弦图是富集分析结果的一种常见展示图形，R GOplot包可绘制GO富集弦图。

打开GO富集弦图绘图模块，输入数据。

数据包括3部分，第一列是基因，最后一列是logFC，即基因的变化倍数，用于排序及基因块颜色（若没有logFC，程序会自动添加，基因色块用灰色），其余列是GO term，其中1表示该基因在这个GO term中，0表示不在。

选择按照gene排序，得到结果：

（3）火山图（Volcano plot）

火山图（Volcano plot）是经常出现在芯片、测序等组学结果中用来展示差异表达的基因或蛋白的一种图片类型，常与热图、韦恩图（Venn diagram）等同时出现。火山图包含2个重要概念：显著性与差异表达倍数。显著性一般设置P<0.05，差异表达一般我们按照Fold Change(倍数变化)≥1.2或2倍作为标准。

点击火山图绘图模块：

输入数据：

设置参数：

得到火山图：

如果觉得微生信绘制的火山图不够美观可以使用Origin软件绘制火山图。

进入Origin官网https://www./ ，点击APP，下载Volcano plot APP，下载链接：https://www./fileExchange/details.aspx?fid=296 。

打开Origin2018软件，将下载好的APP点击软件最右侧的Add APPs即可自动安装，安装好后在APPs下可见Volcano plot APP，使用插件绘图即可。

（4）韦恩图（Venn diagram）

韦恩图（Venn diagram）是各类组学分析中的重要展示结果之一，可显示各比较组之间共有和特有的基因或蛋白。

微生信中找到韦恩图绘制模块：

最多可以绘制6个组的韦恩图，输入数据与组名，点击颜色正方形可以设置颜色：

上述操作完成后即可得到对应的韦恩图：

点击韦恩图上的数字可显示对应的元素，如点击交集数字17：

微生信其他的绘图功能等待大家的探索与使用！

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联川生物在线分析与绘图

联川生物在线绘图网址：http://www./overview 。

分析包括主坐标分析、主成分分析、OTU气泡图与非度量多维尺度分析：

富集分析包括以下多种分析：

绘图包括：

（1）绘制聚类热图

联川生物云平台对每种分析与绘图功能有详尽的使用方法解释与说明：

上传数据，设置参数即可得到聚类热图：

（2）GO富集因子图

其他分析与绘图功能大家可以自行根据说明去绘制！

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在线绘制韦恩图

超过6组的韦恩图该如何绘制？韦恩图的绘制还有其他一些好用的在线工具可以分享给大家！

（1）Venny 2.1绘制韦恩图

Venny 2.1链接：https://bioinfogp.cnb./tools/venny/index.html 。

Venny 2.1最多可以绘制4组的韦恩图，点击数字可以查看结果，右击可查看并保存绘制图片：

Venny 2.1使用方法：

4个List输入数据后选择风格（Style）、调整线宽（Line）、设置字体大小（Font），点击数字可得到对应的结果，例如点击交集17可以导出交集：

（2）Draw venn diagram绘制韦恩图

Venny 2.1的限制是最多绘制4组的韦恩图，4组以上的韦恩图绘制就无能为力了，而Draw venn diagram可最多可以计算30个List的韦恩图。

Draw venn diagram链接：http://bioinformatics.psb./webtools/Venn/ 。

Draw venn diagram的使用：

点击Submit即可得到韦恩图及各组共有或独有的蛋白,保存图片导出结果即可：

扩展：

Origin绘制韦恩图

Origin软件也可便捷的绘制韦恩图，APP store处下载APP，下载链接为：https://www./fileExchange/details.aspx?fid=425 。

输入数据后进行美化导出图片即可。

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BioRender——高效在线模式图绘制神器

一图胜千言，医学研究中模式图与信号通路图在呈现数据和沟通信息中存在非常重要的作用，好的模式图不仅有助于吸引读者的注意力还能效地解释相关数据。

模式图的绘制可谓是八仙过海各显神通，有人使用PS，有人使用AI，还有人使用PPT。

但时间就是金钱，效率就是生命，半夏曾经给大家分享一款秒杀PS、AI与PPT的高效模式图绘制神器——BioRender，一起来简要回顾一下！

BioRender链接：https:/// 。

BioRender包含Imuunology、Microbiology、Neuroscience等在内的30多个生命科学领域的数千个模板：

在线绘图时使用邮箱注册并登录BioRender，Help Guide可以查看使用指南，My Gallery处可以选择Start with a template（从模板开始），点击See all template可查看所有模板：

后续使用即对模板与预设图形的使用与调整，完成绘制后导出图片即可。

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Draw.io在线绘图

Draw.io在线绘图的优势是免费、无需安装且适用于多种平台，数据保存在云端，只需一个浏览器就能随时随地绘制精美的流程图、思维导图、图表等。

Draw.io网址：https://www./ 。

除网页版外Draw.io也开发了客户端（Mac、Linux、Mac），客户端下载地址：

https://github.com/jgraph/drawio-desktop/releases 。

打开Draw.io网址，右下角语言选择简体中文，界面如下：

选择创建新图表，Draw.io 内置了很多图表模版，可以按需创建：

打开一个商务模板，即可在现有模板上进行绘图：

例如选中图形可以更改其填充颜色、输入文本与调整图形等：

还有诸多图像模板可供使用：

点击左上角文件，可导出已绘制好图片：

今天给大家分享使用在线绘图工具就到此为止了，有了这些在线绘图工具不会编程的小白也可以绘制出高质量的生信图片、模式图与流程图，希望对大家有所帮助！

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