小鹿今天介绍的是中山大学肿瘤防治中心的研究团队于2019年发表在国际知名期刊 Molecular Cancer（IF=15.3）的研究论文，目前被引用次数超过60次。
从论文标题，我们也基本可以看出这篇论文的主要研究内容，主角分子为METTL3，表型为tumor progression，机制为m6A-IGF2BP2-dependent。研究人员先是在TCGA数据库里发现几个WER在结肠癌中有差异表达，然后在他们自己的病人样本里验证了METTL3、YTHDF1、YTHDF2、IGF2BP1、IGF2BP2基因存在差异表达。因为他们发现METTL3在TCGA的大多数肿瘤组织中都是高表达的，所以选定它作为下一步研究的对象。进一步的临床样本研究发现，METTL3在肿瘤复发组织和肝转移组织中表达量更高。结直肠癌（CRC）细胞系中的METTL3也显著增高了不少。METTL3的高表达也与不良预后和无病生存期密切相关，所以METTL3扮演了oncogene的角色。为了研究METTL3的下游机制，研究人员选定了2个细胞系：SW480和SW620（因为这俩细胞系的转移能力不一样），METTL3在SW620中高表达。然后比较了在这两个细胞系中基因表达差异和敲降METTL3后m6A甲基化差异。比较两个细胞系的差异，找到了733个高表达且高m6A修饰的PEAK，再比较敲降METTL3后的差异，找到了3393个低表达且低m6A修饰的PEAK。取交集有192个PEAK，对应158个基因。富集后发现可显著富集到干细胞分化这条通路上。通过对通路内的基因m6A修饰水平进行比较，发现SOX2的m6A修饰水平更高，敲降METTL3后SOX2的m6A修饰水平明显降低，SOX2的mRNA和蛋白量也降低。然后研究人员进一步研究了相关表型，通过有限稀释法、侵袭实验、细胞活力检测，发现敲降METTL3后，sphere数目、侵袭细胞数目、细胞活力等指标都显著下降，一些干细胞样表面抗原的表达也显著下降。然后用一正一反的实验证明METTL3可以促进CRC的干性。体外实验做完了，研究人员再在小鼠身上进行了研究。发现敲降METTL3后，小鼠身上的瘤子显著变小了，没有敲降的小鼠身上还出现了肺转移。小鼠的METTL3、SOX2基因还有干细胞样表面抗原表达也显著降低了。我们知道m6A起作用需要writer和reader。前面讲的METTL3是writer，那reader是谁呢？RNA Pull down的实验证明是IGF2BP2，不是其他的reader，结合的区域是基因的CDS区，而不是3’UTR区。RIP实验也证明了IGF2BP2和SOX2的mRNA之间的结合。TCGA的共表达也表明两者之间为正相关，敲降IGF2BP2后，SOX2的mRNA和蛋白表达量都显著下降。论文最后的部分验证了METTL3、IGF2BP2、SOX2临床相关性，并用这三个基因建立了一个Cox回归模型，来预测病人的生存状态。这结果的显著性还是杠杠的啊！纵览全文，论文作者先是找到了一个既有差异表达，又与生存密切相关的writer，然后通过联合转移这个表型和敲降找到一个下游的通路，再从通路中找到一个被writer调控的分子，然后再找出其中的reader，最后将这三个分子与临床联系起来。这篇文章里作者是自己测序找到的通路，如果没有钱测序怎么办呢？我们可以通过文章开头讲的m6A2Target找到相关的基因，有数据库帮忙，只要找出writer、reader和基因，结合上表型和临床意义，一个故事就算讲通了。这篇文献的介绍就到这里，大家可以去原文里学习更多研究的细节，祝大家都有收获！
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