分享

微生物组——扩增子分析专题培训开课啦!!!

 宏基因组 2020-10-09

在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年3月北京鼓楼推出《扩增子分析专题培训》,大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学,真正实现独立分析大数据。

关于学习生物信息学分析的重要性,请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》

课程简介

请详细阅读课程简介,如果以下内容您全精通,不必参加此培训。

一、微生物组/宏基因组学概述

  1. 背景:国际微生物组(人类、环境)、中国微生物组计划

  2. 研究对象:人、动物、植物、环境

  3. 研究方法:培养组学、扩增子测序 (最常用)、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组、宏基因组关联分析、宏表观组等

  4. 宏基因组学的研究热点:微生物多样性、宏基因组、培养组、肠菌与疾病、MWAS

二、扩增子测序技术原理和实验设计

  1. 基本原理:细菌/古菌 16S、真菌18S/ITS结构、引物选择等

  2. 实验设计:正确设计实验组与正/负对照

  3. 样品制备和建库中的误区

  4. 扩增子分析SCI文章的常用套路

三、扩增子常用结果解读

  1. Alpha多样性各种指数:Shannon、Chao1、Observed OTU、PD whole tree等

  2. Beta多样性各种距离矩阵:Bray Curtis、Jaccard、Weighted Unifrac、Unweighted Unifrac等结果的箱线、散点图展示样品间差异

  3. 限制性主坐标轴分析 (CCA/RDA/CPCoA),展示组间差异

  4. 热图、曼哈顿图、火山图展示两组间比较差异分类单元或OTU

  5. 韦恩图、三元图、网络图展示三组及多组间相同与不同

四、扩增子分析流程介绍及实战

  1. HiSeq/MiSeq数据的质控

  2. 实验设计的编写

  3. 质控流程:双端序列合并、提取barcode、质控、样品拆分、切除引物

  4. 生成OTU:序列格式转换、去冗余、聚类生成OTU

  5. OTU筛选:嵌合体生成原理及去除方法、筛选细菌/真菌序列、生成代表性序列和OUT表

  6. 物种注释及进化树构建

  7. 常用Alpha多样性指数计算

  8. 常用Beta多样性距离矩阵计算

  9. 末来的发展趋势:QIIME2、dada2、unois3等新方法

五、分析结果的统计与可视化实战

  1. R语言统计绘图与可重复计算

  2. 箱线图展示Alpha多样性及组间比较统计

  3. 散点图展示样品及组间主坐轴分析(PCA/PCoA/CCA/RDA)的绘图实战

  4. Vegan包分析:环境因子、CCA、RDA、dbRDA、NMDS等

  5. 样品与组间相关分析,并用热图可视化结果

  6. 基于负二项分布法统计组间差异Taxonomy与OTU

  7. 采用热图、火山图、曼哈顿可视化差异结果

  8. OTU网络(MENA, igraph、SparCC和CoNet)及与微生物组数据关联分析(MWAS)

  9. 扩增子功能预测:PICRUSt、FARPROTAX、FUNGuild等

  10. AI图片排版,实现CNS标准图版质量

主讲教师

主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。

助教团队

十余名科学院、清华、北大博士(含在读),轮值讲师和助教,辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。

培训时间

2018-03-10 到 2018-03-11 (线下讲解实战)
2018-03-17 到 2018-03-18 (可线上线下同时,照顾不能长时间在北京的朋友)
每天早9点到晚5点,半封闭式教学
报到时间:开课前的周五晚上准备晚宴欢迎大家,促进相互认识和了解

授课地点

北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。

课程价格

  1. 原价 6999 元/人,
    截止 2018-02-23  4199 元/人
    截止 2018-03-03  5599 元/人
    之后恢复原价6999元/人 (住宿自行解决,提供培训期间午餐)

  2. 名额有限,每次课程报名满30人后自动关闭报名通道

  3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

春节促销优惠活动

2018年春节前报名且成功缴费的用户,不仅可以获得上课的前排座位(座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序),更可同时享受如下三重优惠。

  1. 赠送价值188元线上生信基础课程一门,目前的《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《转录组高级分析》和以后要开设的《生物信息中的Linux应用》任选其一。

  2. 获赠32G品牌定制U盘 (内含数据资料)。

  3. 多人(N,10>N>1)组团报名并同时缴费,每人还可获得价值N百元的礼品(充值或购物卡)。

*注意事项

  1. 需自备笔记本电脑,系统不限(推荐使用Windows 10)。课程实践需要会提供云计算平台。

  2. 培训班所有数据,文档为内部资料,仅供参阅,未经允许不得翻印外传登刊。

  3. 上课期间禁止录音,录像。

  4. 成功付款的学员,若临时有紧急事情不能到来的,可申请延期,更换后续培训班;也可申请退款。

  5. 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用;开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用。

  6. 不可先延期再退款。

更多课程的详细介绍,请扫描下方二维码。

    转藏 分享 献花(0

    0条评论

    发表

    请遵守用户 评论公约

    类似文章 更多