原文:为qiime2国内社区贡献点力量:国内网络环境优化qiime2安装过程 脚本下载目录链接 https://github.com/demonlj/my-qiime2
Fast install qiime2 in China regionQiime2 更新还算频繁,虽说通过conda安装很简单,但每次安装都慢的要(而且conda的wget无法断点续传),尤其在国内。以2019.10为例解释如何快速安装qiime2 分析qiime2-2019.10-py36-osx-conda.yml 文件 Channels 有4个,其中2-4有国内镜像可以替换,只有第一个不行 - qiime2/label/r2019.10 - conda-forge - bioconda - defaults 替换为 - qiime2/label/r2019.10 - https://mirrors.tuna./anaconda/cloud/conda-forge - https://mirrors.tuna./anaconda/cloud/bioconda - defaults 这样可以解决除了qiime2安装包以外的下载问题 Dependencies 删除qiime2相关包,等建立好conda的env之后再单独安装 - q2-alignment=2019.10.0 - q2-composition=2019.10.0 - q2-cutadapt=2019.10.0 - q2-dada2=2019.10.0 - q2-deblur=2019.10.0 - q2-demux=2019.10.0 - q2-diversity=2019.10.0 - q2-emperor=2019.10.0 - q2-feature-classifier=2019.10.0 - q2-feature-table=2019.10.0 - q2-fragment-insertion=2019.10.0 - q2-gneiss=2019.10.0 - q2-longitudinal=2019.10.0 - q2-metadata=2019.10.0 - q2-phylogeny=2019.10.0 - q2-quality-control=2019.10.0 - q2-quality-filter=2019.10.0 - q2-sample-classifier=2019.10.0 - q2-taxa=2019.10.0 - q2-types=2019.10.0 - q2-vsearch=2019.10.0 - q2cli=2019.10.0 - q2templates=2019.10.0 - qiime2=2019.10.0
执行conda命令conda env create -n qiime2-2019.10 --file qiime2-2019.10-py36-osx-conda.yml ,速度应该很快 下载qiime2相关包 获取包名称及md5 conda search q2 --info -c qiime2/label/r2019.10 > ~/qiime2.packages vim编辑器 $ vi qiime2.packages :%s/^\(url.*\)\n\(md5 \+: \)/\1:/ :v/^http/d :v/qiime2/d :wq 下载 python3 fetch-qiime2-packages.py
安装qiime2软件包 $ for n in `*.bz2` do conda install --offline $n done Note:
安装q2-studionpm下载electron非常慢 npm install -g cnpm --registry=https://registry.npm. pip install . cnpm install
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