高通量测序的发展极大地推动了微生物组/宏基因组领域的发展。微生物组的数据分析和解读需要微生物学、生物信息学、统计学、Shell和R语言、宏基因组学等多学科的知识,无论是中国还是世界范围内仍缺少系统的学习教材。宏基因组公众号成立的目的是打破微生物组数据分析解读的壁垒,推动本领域的发展。目前经常三年的积累,已发布数百篇本领域相关数据分析、可视化和科研经验的教程。但本领域发展迅速,很多教程需要更新,而且团队成员的知识和研究领域有限,需要更广泛的同行加入,打造宏基因组学入门百科全书,现向全球华人圈全面征集《微生物组数据分析与可视化实战》章节编写的创作者和审稿人。 创始人就是你,赶快加入贡献你的智慧吧! 创作者要求
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联系宏基因组公众号联系人:刘老师 微信:meta-genomics 广告营销人员较多,添加微信务必备注姓名-单位-职位-研究方向,否则无法通过好友申请 邮箱:metagenome@126.com 微生物组数据分析与可视化实战——目录以下为目前整理本领域基础知识、常用分析、必备技能的目录。部分章节有前期发布的资源和教程供参考。有自己擅长章节的作者,欢迎认领相应章节进行更新或从头创作。如果你觉得有自己擅长而且重要的知识和方法,欢迎联系我们一起讨论目录的更新。 中文的宏基因组学百科全书期待你的贡献!
序推荐序找在本领域积累多年的专家、学者,如朱永官院士、蓝灿辉总裁、赵方庆研究员、王军研究员、褚海燕研究员、韦中教授等对本书进行点评。 编者序概述、历史背景、我们的基础、主要动机,以及你将学到什么? 微生物组分析(原始数据到特征表)微生物组微生物组的概念发展史:摸索,初步探索,建立方法,百花齐放。 测序平台和数据
常用研究手段扩增子16S宏基因组其他宏组学真菌组 18S/ITS 功能基因 代谢组 基因组 转录组 有时研究也会涉及宿主、微生物的基因表达研究。更多转录组、单细胞的文章可关注生信宝典公众号。 分析前准备生物信息实验设计和元数据分析的基本思路Shell和LinuxR统计与绘图
ggplot2绘图基础R语言绘图专辑高级统计绘图
常用分析流程盘点主流软件。高级阶段应该是各种方法步骤的自由组合,甚至是根据需要设计、开发方法。 扩增子64, 33格式转换 USEARCH/VSEARCH
宏基因组有参分析Read-based无参Assembly-based功能注释数据库分箱专题认识特征表 Feature table特征表是上游大数据分析的终点,是里程碑式的成果,同时也是下游分析的起始。 特征表的分析、可视化和解读Alpha多样性箱线图或柱状图稀释曲线维恩图维恩图的变形,如UpsetView,网络图等。 Beta多样性非限制性排序PCoA/NMDS
统计方法PERMANOVA
限制性排序
物种组成堆叠柱状图弦图树图/气泡图差异比较t检验和秩和检验匀二项分布和计数型差异分析edgeR/DESeq2
STAMP与扩展柱状图LEfSe和Cladogram
网络分析网络基础知识可视化入门
可视化进阶
机器学习机器学习的常用算法随机森林分类
随机森林回归
Adaboost/slime2深度学习来源追溯SourceTracker/FEAST其他常用算法
树形图进化树构建
分类树构建
相关分析特征与环境因子相关特征间相关(同网络)相关分析的可视化统计学基础正态性检验和方差齐性分析t检验、方差分析、卡方检验使用注意事项两组和多组秩和检验多重比较的P值校正物种数据标准化方法和注意事项文章套路总结扩增子参考基因集碳水化合物抗生素抗性扩增子+宏基因组其他研究热点
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