【原】神器GEPIA2在手，不会编程也能轻松挖掘TCGA | 癌症研究数据库推荐

不论是做基础研究还是临床研究，TCGA都是“宝藏”数据库，可是不会写代码，如何徒手挖掘TCGA？

来自北京大学的研究人员开发了GEPIA，GEPIA让没有任何编程背景的科研工作者能够轻松执行各种基因表达分析。其相关研究成果已发表在《Nucleic Acids Research》。

GEPIA（Gene Expression Profiling Interactive Analysis）web工具于2017年首次发布，基于TCGA和GTEx数据库中的肿瘤和正常样本进行基因表达分析。截至2019年5月，根据Google学术搜索的统计数据，GEPIA已被引用414次，并处理了来自全球约11万个不同IP地址的约40万个分析请求。

2019年研究团队推出了更高分辨率和更多功能的加强版GEPIA2。

如何使用GEPIA2？

GEPIA2为用户提供公共数据分析和自有数据分析两大块功能。

公共数据分析

用户可以使用GEPIA2的相关模块完成基于TCGA和GTEx数据的基因表达的一般性分析、差异表达分析、表达DIY、生存分析、Isoform分析、相关性分析、基因相似性分析、PCA分析。

基因表达的一般性分析

在输入框中输入目标基因名称，即可得到该基因在不同组织中正常和癌症中的表达交互人体图、散点图、柱状图以及异构体/相似基因列表。

基因表达的一般性分析示例

差异表达分析

设置搜索条件：选择癌症类型，筛选差异的阈值和差异表达的方法。点击plot可得到差异基因的不同染色体分布；点击list得到差异基因列表。

基因差异表达分析示例

表达DIY

• 目的基因表达量分析

• 特定基因的特定癌种的正常组织对比肿瘤组织的表达分析

• 特定基因在特定癌种中的不同病理分期中的表达差异分析

• 多个目标基因的表达分析

表达DIY分析示例

生存分析

• 对特定基因的生存分析

• 对特定病种里所有与预后差异显著相关的基因的汇总（适合找课题）

• 多个基因在多个癌症中与生存的关联分析

生存分析示例

Isoform分析

对同一个基因不同转录本的表达做分析，得到不同转录本的表达丰度及Isoform结构。

Isoform分析示例

基因相关性、相似性、PCA分析

输入基因或基因标签名称，选择癌种/样本信息，即可完成基因相关性、相似性、PCA分析。

基因相关性、相似性、PCA分析示例

自有数据分析

用户可上传自有数据，完成癌症亚型分类及基因表达分析。

自有数据分析示例

本地程序包：GEPIA2 提供了一个python程序包供快速分析和检索

首页功能分类模块：用户也可以在此模块选择相关分析功能（单基因分析、癌症类型分析、自有数据分析、多基因分析）。

Dataset Sources：提供了GEPIA2中可用的TCGA/GTEx数据的概述，包括组织样本、基因分类、Isoform和癌症亚型。