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神器GEPIA2在手,不会编程也能轻松挖掘TCGA | 癌症研究数据库推荐

2020-10-10  周婷111

不论是做基础研究还是临床研究,TCGA都是“宝藏”数据库,可是不会写代码,如何徒手挖掘TCGA?

来自北京大学的研究人员开发了GEPIA,GEPIA让没有任何编程背景的科研工作者能够轻松执行各种基因表达分析其相关研究成果已发表在《Nucleic Acids Research》。

GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)web工具于2017年首次发布,基于TCGA和GTEx数据库中的肿瘤和正常样本进行基因表达分析。截至2019年5月,根据Google学术搜索的统计数据,GEPIA已被引用414次,并处理了来自全球约11万个不同IP地址的约40万个分析请求。

2019年研究团队推出了更高分辨率和更多功能的加强版GEPIA2。

如何使用GEPIA2?

GEPIA2为用户提供公共数据分析和自有数据分析两大块功能。

公共数据分析

用户可以使用GEPIA2的相关模块完成基于TCGA和GTEx数据的基因表达的一般性分析、差异表达分析、表达DIY、生存分析、Isoform分析、相关性分析、基因相似性分析、PCA分析。

基因表达的一般性分析

在输入框中输入目标基因名称,即可得到该基因在不同组织中正常和癌症中的表达交互人体图、散点图、柱状图以及异构体/相似基因列表。

基因表达的一般性分析示例

差异表达分析

设置搜索条件:选择癌症类型,筛选差异的阈值和差异表达的方法。点击plot可得到差异基因的不同染色体分布;点击list得到差异基因列表。

基因差异表达分析示例

表达DIY

  • 目的基因表达量分析

  • 特定基因的特定癌种的正常组织对比肿瘤组织的表达分析

  • 特定基因在特定癌种中的不同病理分期中的表达差异分析

  • 多个目标基因的表达分析

表达DIY分析示例

生存分析

  • 对特定基因的生存分析

  • 对特定病种里所有与预后差异显著相关的基因的汇总(适合找课题)

  • 多个基因在多个癌症中与生存的关联分析

生存分析示例

Isoform分析

对同一个基因不同转录本的表达做分析,得到不同转录本的表达丰度及Isoform结构。

Isoform分析示例

基因相关性、相似性、PCA分析

输入基因或基因标签名称,选择癌种/样本信息,即可完成基因相关性、相似性、PCA分析。

基因相关性、相似性、PCA分析示例

自有数据分析

用户可上传自有数据,完成癌症亚型分类及基因表达分析。

自有数据分析示例

本地程序包:GEPIA2 提供了一个python程序包供快速分析和检索

首页功能分类模块:用户也可以在此模块选择相关分析功能(单基因分析、癌症类型分析、自有数据分析、多基因分析)。

Dataset Sources:提供了GEPIA2中可用的TCGA/GTEx数据的概述,包括组织样本、基因分类、Isoform和癌症亚型。

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