告别代码，自由绘图 ——Cytoscape的表图转化DIY之路

在源远流长的人类发展历程中，人类为了延续种族与文明，发明了许多传承认知的方法。从原始社会的结绳记事，到文明萌芽后的文字发展，再到现代社会的信息爆炸，人们的表达方式越来越多样化。不过，有一种方式，从始至终从未被淘汰，它就是——图。从小儿牙牙学语的启蒙读物，到科研第一线的各类顶级期刊，各式各样的图无所不在，它们丰富着读物，形象地传达着作者的思想。尤其是在期刊文章中，一张精美的Fig往往比一张详尽的Table更能直观地展现文章的分析过程、结果。但是，很多稍复杂的Fig都要通过几十甚至几百行的代码才能绘制出来，这对于专注现象研究的老师来说是一个一直难以自主解决的问题。基于这些需求，一系列作图软件应运而生。今天，就让小锐带着大家体会关系网络的一种可视化操作——Cytoscape的操作入门。

Ⅰ

什么是Cytoscape，我该怎么获得呢？

Cytoscape是一款可图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，它支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，或者利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。Cytoscape还能够为网络添加丰富的注释信息，并且可以利用自身以及第三方开发的大量功能插件，针对网络问题进行深入分析。

上面只是最基础的优点，作为本次生信大课堂的主角，Cytoscape的最大亮点在于：基于Windows，全程可视化操作，只需要鼠标就能完成关系网络的绘制。

当然，Cytoscape也是一款善解人意的好软件，在它的官网http://www./上就能免费获取完整版的软件本体，这就是它的最新版下载界面了（推荐64bit版本，功能会比32bit更强大）：

Cytoscape需要Java支持，不要忘了下载哦。

Ⅱ

说了那么多，我该怎么用呢？

不急，正片现在开始~

1

导入文件

首先，对文件进行预处理，完成类似于分组的准备工作：

这样能够表明元素间的相关性以及其他作图所需要的信息，支持Excel哦~

接下来，打开刚刚安装好的Cytoscape，点击下图中用红色标注的选项：

选择处理好的文件，成功导入数据：

2

选择文件的表现形式

成功导入文件后，我们就要开始选择文件的表现形式了：

小锐在这里做一个示例，区分主要与次要元素，以及从属于各自关系的数组分类：

次要元素

主要元素

关系属性

分类属性

完成数据设定之后，就可以看到关系网络Fig的雏形啦：

是不是感觉很乱？没关系，只要通过几步菜单设定，就能获得更加美观的Fig了。

3

设定网络图的展示形式

通过Layout菜单，我们可以设定网络图的展示形式：

以Circular为例，我们的原图长这样：

在左侧菜单中选择Style进行参数设置：

在左下角可以进行Node参数和Edge参数的设置切换：

具体设置诸如

· Node size（控制Node参数的图例大小）：

· Node shape（控制Node参数的图例形状）：

· Edge Stroke Color（控制Edge参数的图例颜色）：

等等共计20余种参数设置，基于本文的DIY主题，就不一一介绍啦，更多好玩的小细节，留给各位探索发现~（悄悄告诉大家一个小秘密，Cytoscape里面的所有元素都是可以自由拖动的哦~）

最后PO一张示例数据完成的样板图：

怎么样，心动了吗？

4

保存图片

The last but the most important，完成了网络图的绘制，我们还得把它保存出来。通过菜单中的Export选项，就可以完成图片的导出保存啦：

供稿：胡必豪

编辑：王丽燕