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之前（文末有链接哦~）我们演示了如何使用Cytoscape导入数据以及图形展示，想必大家对Cytoscape这款软件有了基本的了解。这一期我们将在之前教程的基础上提供一种使用Cytoscape快速展示String蛋白数据库的互作网络图的方法。 目前在网上搜索到的很多教程是基于旧版本，为了大家能更好理解Cytoscape的使用以及本着与时俱进的原则，我们选择了最新的3.5.1版本作为演示。惊不惊喜，意不意外？ 通常我们看到的String数据库给出的互作网络图是这样的： 是不是觉得这图很杂乱，难以查找自己所关心的蛋白。怎么获得一张清晰精简的互作网络图呢？通过Cytoscape就能快速完成以上需求，最主要的，只需要3步即可！ 首先我们需要一个String数据库所提供的的互作信息文件：string_interactions.tsv。我们主要关心该文件内前两列数据：node1和node2，以及最后一列数据：combined score。我们顺便重新温习下导入数据过程：File -> Import -> Network，然后默认设定，点击OK即可。我们可以看到图中仅显示有互作关系的蛋白，所以比String数据库的原图精简了一点。 接下来我们需要对图进行一定程度的修饰。比如我们希望连接度（degree）大小能以不同颜色和大小的node显示，并且combined score值的大小能以不同大小edge凸显出。我们先点击Tools -> NetworkAnalyzer -> Network Analysis -> AnalyzeNetwork，默认设置，点OK即可。然后点击同样Tools下的Generate style from statistics，会出现一个小窗口，如下所示： 通过这种方法，我们能快速地将degree值赋予Map NodeSize和Map Node Color，以及将combined_score值赋予Map Edge Size，然后按照第一期的教程修改Node大小和颜色的方法，就能形成一张美观的蛋白互作网络图，如下： 如果觉得这互作图不够精简，我们还可以通过cytoscape来展示指定某一个蛋白的互作网络图。如只关心ctaC蛋白（即degree最高的那个node）以及与ctaC蛋白有互作关系的蛋白所形成的网络图：我们可以先鼠标左键选中ctaC蛋白，然后点击如下图所示按钮： 最后点击File -> New -> Network ->From selected nodes即可形成一张局部互作网络图，如下图所示：
以上介绍的为展示String互作网络图的一种简单的方法，我们为了让互作网络展示更多的信息，还可以将每个蛋白的foldchange信息以及P.value信息加入其中，以形成一张更加美观的网络图，这就需要更加深入了解Cytoscape的使用方法，各位多摸索练习就会啦！小编就不一一展示了。 |
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