发送 生信 到本公众号(freescience联盟)后台,查看相关系列文章~ 发送 沙龙 到本公众号(freescience联盟)后台,查看往期直播回放~ 本周是生信专题直播周,赵老师和大家分享的是免编程学生信系列:蛋白互作--构建生物网络案例实践,并现场解答群友提出的相关提问(qq群463367325)。 发送 GSNX 到公众号后台,得现场课程+答疑视频 ~ 最近提过问题但错过现场答疑的同志,仔细看推送中有没有自己的提问,领到录像好好学习…… 要是有追问,可以组织语言在群里求助(提问前请仔细阅读这篇求助得回应秘诀),如果没有解答,周六统一直播回答。点这里查看优质提问的示例~ 发送到有道云笔记的优质提问将获得专场解答,将问题写在有道云笔记里,进qq群463367325,把有道云笔记链接私信发给小觅0号(点这里看欧阳同学整理的有道云使用心得)。 问答版与现场答疑内容仅供参考,并非标准答案,欢迎大家深入思考,提出不同的见解。回顾推文的内容排序即现场直播课程顺序,先领视频,再对照回顾推文看视频,学习效果好:) 赵老师的生信沙龙问答版 问:赵老师,对于GEO芯片数据标准化之后,质量控制的箱线图和密度曲线图是怎么去理解的,怎么判断数据之间差异不大?芯片号:GSE74530,用 Bioconductor里面的gcrma函数对原始数据进行了进行标准化,用boxplot和hist画出的图如下面。 想问一下,第七个样本是不是有问题?用的是affyPLM里面的NUSE函数 这个实验是一个配对对照设计,如果有问题怎么进行下一步处理? 这个是该样本的affyPLM信号图
赵忻艺现场录像中已回答 (发送 GSNX 到公众号后台领录像) 问:老师,想请教您一个问题哈,之前讲的cytoscape里面的KEGG富集后那个分析结果里面的 term p value和 group p value代表什么含义啊,谢谢? 问(留言栏):可以推荐一个适合处理蛋白芯片矩阵的R包吗? 赵忻艺现场录像中已回答
问:怎么预测已知序列的lincrna 能binding到某些蛋白如酶的启动子。上ucsc 行吗? 赵忻艺现场录像中已回答
问:问大家个问题,我把差异基因分成上调下调之后,分别富集通路,得到的通路是不是可以认为是激活和抑制的通路? 赵忻艺现场录像中已回答 问:请问有人会对一堆蛋白做GO-KEGG的富集分析吗 赵忻艺现场录像中已回答 问:请教一下大家,CHIP-seq数据可以在什么网站查到吗?有木有什么推荐网址 赵忻艺现场录像中已回答 问:群里有没有人知道怎么做多平台芯片的批次效应消除呢,一般是用InsilicoMerging 和sva,但前一个方法由于网站维护,没办法用,后一个正在摸索,有文献中讲到了以将芯片数据定量归一化,然后利用PCA和聚类检查批次效应消除,这种方法正确么 赵忻艺现场录像中已回答 (发送 GSNX 到公众号后台领录像) 课件的分割线 零成本发SCI,上期我们介绍了什么是蛋白与蛋白互作和为什么要构建蛋白与蛋白互作网络?(复习一下,点击这里,内有文献标题)这期将简单的介绍几个实用的在线工具。 接下来就以STING为例,演示些简单的操作。 1. 点击search,选择输入蛋白或基因名称和物种类型即可。这里以TP53为例。
6. 蛋白网络的分析。例如平均Degree统计,GO和KEGG Pathways富集分析等。
即查询一群蛋白之间是否有互作关系,存在哪些互作关系。 1. 点击Multiple Proteins,输入蛋白或基因列表和选择物种类型即可。这里以93个基因为列表。 2. 之后操作流程与单蛋白操作类似不再详细展示。 3. 注意在互作图显示中hide disconnected node选上,能将没有互作关系的蛋白隐藏。 这样利用String的在线工具通过简单的操作就能将筛选获得的差异基因列表构建成以下“高大上”的互作网络图。 最终我们回归到本章进行还原的文章” Identification of breast cancer candidate genes using gene co-expression and protein-protein interaction information ”。在文中它是将String整个蛋白互作数据库下载到本地,这样就不怕断网和String数据库服务器维护无法使用。 那么如何实现这个功能?这就要用到我们的神器了Cytoscape了,接下来将对这一过程进行演示。 之前介绍了一个简单的String查找蛋白互作的工具,现在将用到我们的神器Cytoscape了,接下来介绍如何将String的蛋白互作数据下载到Cytoscape本地中。 1.下载Cytoscape,http://www.。 下载与操作系统匹配的版本(支持Mac OS X、Windows 64bit、Linux),下载后安装过程与常规软件相同。 2.在Cytoscape中下载StringAPP 。 3.点击安装StringAPP。
5.选择string数据库,以基因或蛋白输入 7.并且在已构建好的网络中可以扩展新的连接蛋白数或者重设confidence score来调整网络大小。 通过以上操作我们解决了蛋白互作数据库的问题。 |
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