Cytoscape之StringAPP蛋白互作网络分析

今天介绍蛋白互作网络分析Cytoscape-String APP，给文章增加亮点。

StringApp优势

A 可展示更大的网络系统；

B 数据导入分析，可视化更灵活；

C 可与Cytoscape软件中的其他功能插件结合使用，同一数据多层次分析；

D 可集成String数据库创建一个工作流；

E 免费使用；

操作流程

1.安装string APP：打开Cytoscape，安装该插件。

2. 导入互作网络数据库：选择菜单栏中的File--Import--Network--Public database。

3. 属性选择：弹出的属性选择框中，Data Source = String:protein query，输入要分析的蛋白/基因名。根据需要选择Confidence Score,代表蛋白间相互作用强弱的值，Cut-off值设定默认0.4（medium）。这样就会得到一个初步的蛋白网络互作图。

4. 个性化调整：string style工具栏进行个性化调整。

5. 内容更改：对网络图的内容进行更改，点击菜单栏Apps--String下修改。

6. 通路富集分析：值得推荐的是KEGG通路富集功能，在菜单栏Apps下还有一个被自动安装的STRING Enrichment插件，该插件的功能主要是对互作网络图中蛋白进行通路富集分析。设定FDR value cutoff值后（默认为0.05），即可得到目标蛋白/基因的KEGG富集分析结果。

接着，我们可以选中自己感兴趣的一条通路，网络图中显示黄色的点就是该通路的蛋白。然后就可以对这条通路下的蛋白显示风格进行个性化调整，如形状、颜色、大小等。

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