【原】发表在nature protocol上的相互作用数据库是什么样子的(二)

昨天我们介绍了ConsensusPathDB的基本功能以及其在蛋白相互作用查找当中的使用。今天我们继续把ConsensusPathDB剩下的功能来进行介绍。

2. 基因富集分析

2.1 数据库输入

对于这类可以预测其相互作用功能的数据库，一般都会具有基因的富集分析的模块。所以这个数据库也提供了富集分析的结果。同样的这个数据库对于富集分析的算法也分为：ORA以及GSEA两种分析。

对于ORA以及GSEA的区别只是在于输入的不同，这个之前我们介绍过很多的次了，就不介绍了。不懂的同学可以查看：基因富集分析算法介绍。我这这里使用ORA来进行演示。在输入一系列的genelist之后。我们点击Rroceed即可。

2.2 背景数据库选择

对于富集主要还是了解其分析的背景数据库。ConsensusPathDB总共支持四种背景数据库的分析。

数据库名称	简单描述
基于网络的集合(NEST)	蛋白相互作用当中以某一个蛋白为中心的分析
通路相关数据库	基于12个通路相关数据库的分析
GO分析数据库	基于GO分数据库进行的分析
基于蛋白质复合物的数据集	属于某一个蛋白复合物产物的数据集

在这里我们就基于不同的目的来选择想要分析的背景数据集即可。例如我们可以选择通路分析

2.3 结果展示

通过上面的选择，我们就可以得到想要的结果。结果是以表格的形式来进行展示的。同时结果也会有一个简单的词云来分析通路名称的出现频率。

最后也可以通过一个网络图的形式来进行展示

3. 代谢物富集分析

代谢物的富集分析其实和👆基因的富集分析一样的。我们这里就说一下其背景的数据库只能做的是通路相关的分析。至于其他的则没有。结果展示和上面的结果也是一样的。

4. 蛋白相互作用分析

这个功能其实类似于我们使用string来进行蛋白相互作用网络的构建。相较于STRING而言，这个数据库综合了多个数据库的结果，所以更加的可信吧。我们需要做的也是输入想要分析的基因即可。

相较于STRING的结果，这个数据库的蛋白相互作用图会显示具体的调控信息。同样的，我们可以通过export。下载具体的相互作用数据。这样也方便我们在其他工具比如：cytoscape里面进行网络美化

使用场景

对于我们想要综合性的了解一个蛋白相互作用的时候，相比较被大家熟悉的STRING，可能这个我们能获得东西更多一些。另外在这个数据库提供了两个蛋白相互作用途径的检索。这个功能可以方便我们来寻找两个基因之间的相互作用关系。

这类综合性的数据库其实最怕的是内置数据的滞后，但是查看其版本发现还是经常更新的，所以还是可以放心使用的吧。