一、stringApp插件- 蛋白质网络一直是我们分析和可视化大量蛋白质和基因的工具。其中，最耳熟能详的是STRING数据库（https:///），其适用物种有2000多个，能检索出编码蛋白间可能的潜在相互作用，例如物理接触、靶向调节等，最终阐述生物体中有意义的分子调节网络。
- 但有个缺点：STRING数据库网页版只适用于构建小型网络。如要构建大型蛋白互相网络，这个网页版恐怕无法满足我们需求。
- 而这Cytoscape软件中的stringApp插件有以下好处：
- 可与Cytoscape软件中其他插件联合进行数据分析
二、操作演示1. 插件下载- 下载安装的插件方法都一样，都是通过点击
Apps→App Manager - 在
Search 中输入所需要的插件：stringApp。之后点击右下角的install，因为我已经下载好了所以这边是显示灰色。
2. 应用及保存2.1 导入基因 导入基因，点击图标，选择所需要的STRING类型，这里选择STRING protein query 按ctrl+回车 启动分析  不同数据库构建的网络不同，比较常用的是蛋白质互作网络（STRING：protein query）
2.2 扩展功能2.2.1 外观 2.2.2 扩展网络 有三个主要功能：  而results panel主要是指网络图右方的控制面板  每个选项都有不同的功能，大家可以随意勾选尝试下网络图有哪些变化
2.2.3 富集功能富集分析：  点击Apps---STRING Enrichment---Retrieve function enrichment进行富集分析  结果出现在网络图的下方。包含富集名称，FDR值，基因数目及名称 富集的类别有六种：GO Biological Process, GO Molecular Function, GO Cellular Component, KEGG Pathways, PFAM, and InterPro protein domains. 点击Apps---STRING Enrichment---Export enrichment results进行导出保存
三、总结但是如今stringApp在文献中仍然使用不多，大家仍倾向于使用STRING网站构建蛋白质相互作用网络，但其实两者求出来的网络基本相同，并且如果STRING网站出来的网络外观不满意的话，仍需要调入cytoscape进行分析，这样对比使用stringApp就可以一步到位了。
|
