大家好，我是%。这是一篇发表在BioMed Research International上的文章，2019年 IF2.276,中科院三区。题目是Integrated Analysis of Hub Genes and miRNAs inDilated Cardiomyopathy（Hub基因与miRNAs相关性心肌病的综合分析)。
扩张型心肌病（DCM）是一种原发性心脏病，涉及遗传或炎症后病因。左心室（LV）或左心室扩张和收缩功能障碍是其主要体征，并伴有心肌梗死和纤维化。在临床实践中，这些表现很难被高血压或瓣膜病后的容量负荷过大或导致整体收缩功能障碍的冠状动脉疾病（CAD）解释，尽管DCM具有典型的表型特征，但DCM病理生理学的多样性、心肌活检的不良后果以及缺乏明确诊断的标志蛋白等特点，需要创新其病理生理学机制，为临床决策提供支持。近年来，microRNA（miRNA）在心血管疾病研究中越来越受到研究者的关注。一些报告揭示了miRNA和靶向信息RNA（mRNA）在各种疾病发展中的关键作用，包括心血管疾病。有研究利用阿霉素诱发的鼠心肌病模型,发现miR-144-3p和miR-451a下调，miR-21-5p上调。在Gioffffre等人的研究中证明miR-34a-5p和miR-451a与DOX诱导的心肌病变密切相关。此外，也有研究显示miR-223-3p可以调节自身免疫性心肌炎树突状细胞的免疫耐受性。mRNAs也可作为扩张型心肌病的诊断生物标志物，并可评估心力衰竭时心肌纤维化和心室重构的进展。然而，很少有研究阐明DCM疾病中mirna的调控网络。这项研究以较高的可信度鉴别了人类扩张型心肌病相关的miRNAs，并为确定扩张型心肌病的病理机制和潜在靶点提供了一种新的方法。miRNA数据集(GSE112556)包含3例正常人心脏组织和3例扩张型心肌病患者。mRNA数据集（GSE3585）包含7个DCM患者和5个正常人心脏组织。筛选条件：P values < 0.05 和logFC > average (log FC) 2 ∗ SD (log FC)挑——挑出与DCM患者与正常人心肌组织差异miRNA 作者利用R limma包分析差异miRNA(GSE112556)，logFC>1.5，获得2个上调mirna（miR-770-5p和miR-21-3p），和7个下调miRNA（miR-144-3p,miR-144-5p, miR-9-3p, miR-451a, miR-551-3p, miR-363- 3p, and miR-338-3p）作者对mRNA数据集（GSE3585 ）分析，共得出154个上调和 127个下调mRNA，最后分别选取了上下调最靠前的20个基因摆放在文章里。作者接着用Richfun软件（http:///download）对9个DEMis进行GO富集分析和转录因子分析，如图2和图3，结果显示DEMis的4297的靶基因匹配到了55个转录因子，作者挑选了与mi'rna结合强度最靠前的10个转录因子SP1, EGR1, SP4, LHX3, CUX1,POU2F1, HOXD8, MEF2A, HOXA9和NKX6-1。GO富集显示转录因子活性，转录调节因子活性，泛素特异性蛋白酶活性，脂类磷酸酶和苏氨酸/酪氨酸激酶活性富集程度高。作者借助miRDB (http://www.)，miRTarBase(http://mirtarbase.mbc.)，和TargetScan(http://www.)三个常用的miRNA靶基因数据库取交集，并结合差异表达的mRNA和miRNA构建了最终的调控网络，包含51个mRNA和7个miRNA（图4）。作者借助enrichplot和ggplot2包对最终调控调控网络里的50多个mRNA再次进行了GO富集分析和KEGG富集分析（图5）。此处作图6张，确实都比较精美。本文生信是非常简单的套路了，典型的miRNA-mRNA，能发到三区，主要是领域优势，因为DCM患者确实这方面生信文章不多，杂志虽是三区，但是影响因子不高，简单套路反而易于发上去。但本文依旧有能够借鉴的地方，比如开始的richfun软件，直接对DEMIs进行了GO富集分析和转录因子分析，我们可以用在自己的文章里，其次该研究进行了两次“圈”，再构建好了调控网络后再次进行了GO富集和KEGG富集，使得工作量堆砌上去，但是本文仅仅这样意犹未尽，可以继续加入转录因子调控网络，或者网上再挖掘潜在的LncRNA，均能使得本文得到继续提升，但是本文最后6张KEGG富集图片确实精美，为文章加分不少。欢迎大家关注解螺旋生信频道-挑圈联靠公号~
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