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肠道中好的细菌执行着一系列至关重要的功能，促进甲状腺、消化系统和免疫系统的功能和健康。肠道黏膜是重要的免疫屏障，执行超过60%的重要免疫防御功能。消化不良和肠道菌群失调导致的免疫系统功能障碍，可能引发自身免疫性疾病的发生，包括桥本氏甲状腺炎（Hashimoto’s thyroiditis）。 
哪些饮食因素会导致免疫系统失衡？ 位于肠道中的免疫系统部分称为肠道相关淋巴组织，是由一些存储T细胞和B细胞的淋巴组织组成的。这些细胞对抗原进行攻击并针对抗原产生抗体以抵御潜在的威胁。 肠漏综合征、肠道损伤、乳糜泻或有害细菌的活动会引起肠道屏障通透性增加，从而影响免疫系统的自然防御机制。未消化的食物颗粒、细菌、寄生虫、霉菌和环境毒素颗粒穿过肠道屏障而不被击退，就可能触发自身免疫性疾病。 
以下饮食因素可能引发自身免疫反应： 滥用抗生素、非甾体抗炎药、抑酸剂等药物。除了杀灭有害细菌之外，抗生素也可以杀死有益细菌，这可能导致肠道菌群失衡，有害细菌（念珠菌，螺杆菌或寄生虫）的过度生长以及肠道黏膜损伤。 糟糕的消化健康状况、消化道炎症和寄生虫感染可导致多种疾病，如消化不良、肠漏、营养不良、自身免疫性疾病（包括桥本氏病，糖尿病，狼疮，多种食物不耐受和过敏症等）。 例如，某种肠道细菌可引发免疫系统过度反应并导致桥本氏病。 食物过敏会促进肠道通透性的增加。导致过敏的最常见食物包括乳制品、鸡蛋、麸质、大豆、玉米和食品添加剂。研究表明，桥本氏病患者往往会有麸质不耐症或严重的乳糜泻，这些疾病都可能引发甲状腺自身免疫、营养吸收不良以及硒、镁、复合B族维生素、铁、维生素D和许多其它营养素缺乏。
与麸质以外的食物存在交叉反应，也可能引起肠壁发炎和损伤。麸质已被证明与24种其它常见食物存在交叉反应性，比如乳制品、巧克力、土豆、芝麻和咖啡等等。这意味着那些对麸质过敏的人也可能对这些食物起反应，并增加对甲状腺自身免疫的过度反应。 其他谷物中的类似麸质的蛋白质也会在敏感个体中引起过敏反应。根据研究，玉米麸质也可能会导致乳糜泻和麸质不耐受患者的肠道损伤。有许多乳糜泻患者接受无麸质饮食时症状改善不明显，直到他们排除饮食中的所有谷物时症状才得到缓解。 饮食中过量的碘会导致甲状腺肿，引发易感个体的自身免疫性甲状腺炎，并可能恶化现有状况。但是，值得注意的是，缺碘也会引发桥本氏病。
摄入过量的糖、面粉、精加工食品会导致血糖波动，刺激细菌过度生长并抑制免疫功能。 坏脂肪。富含反式脂肪、omega-6脂肪酸的食品以及大多数加工食品中存在的氢化脂肪的摄入会促进慢性炎症和自身免疫过度反应。 食物和水中的环境毒素会干扰甲状腺功能，导致消化问题，并穿过肠道屏障引起自身免疫反应。
肠道菌群不平衡 健康的肠道菌群是由数百种人体特异的不同细菌组成的。除肠漏外，还有其它一些肠道失衡也可能导致甲状腺功能低下和自身免疫病： 肠道中有益细菌的减少或缺失，有害细菌的增加被称为肠道菌群失调（dysbiosis）。甲状腺激素发挥生理作用的主要是游离T4和游离T3，而T3的活性是T4的3-4倍。血清中所有的T4都是从甲状腺分泌的，而血清中T3只有一小部分（约10%-20%）是从甲状腺直接分泌的，绝大多数（80%～90%）是T4在外周转化而来的。在甲状腺激素T4到T3的转化中，多达20％的转化是在肠道内发生的，但前提是需要健康的肠道细菌存在。缺乏足够的有益细菌使得活性的甲状腺激素T3的水平较低。 
小肠中一些入侵细菌的过度繁殖被称为细菌过度生长，主要包括念珠菌、幽门螺旋杆菌和寄生虫等等的数量异常增加。有害细菌的过度生长可以抑制好细菌的生长，减少甲状腺功能，干扰甲状腺药物和营养物质的吸收。 甲状腺功能如何影响肠道健康？ 伴随甲状腺功能减退而导致的盐酸产生减少会导致胃酸过少。食物，特别是含有蛋白质的食物不能被正确地消化，会增加肠道通透性、炎症和对感染的易感性。 
甲状腺激素水平低会影响胆囊的功能和解毒过程，损害肝脏中甲状腺激素T4向T3的转化。 另外，甲状腺功能减退会减缓食物的通过时间，导致便秘，进而增加炎症、感染和吸收不良。
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