ProteomeXchang数据库

转自 诺禾致源质谱

在进行蛋白质组学相关领域的期刊投稿时，编辑通常会要求我们将蛋白组学的原始数据提交到第三方平台上。那问题来了，数据需要上传到哪个数据库？如何上传？下面小编就手把手教一下大家如何运用ProteomeXchang数据库上传蛋白原始数据。

ProteomeXchang 介绍

ProteomeXchang（简称PX），是一个蛋白质组学的数据库，在蛋白质组学如火如荼的今天， PX是应用较为广泛的蛋白质组学质谱数据存储平台。

ProteomeXchang 的网址：http://www.，打开后主页是这样的：

图1. ProteomeXchang主页

研究者可以根据需要选择通过ProteomeXchange客户端直接上传质谱的原始数据。PX数据上传工具下载及帮助页面：http://www./pride/help/archive/submission

图2. PX数据上传工具下载及帮助

PX数据提交方式

PX数据的提交方式有两种：

• 一种是依赖于搜索结果文件mzIdentML or PRIDE XML的完整提交方式，对数据的格式有要求，适合部分数据

• 另一种是部分提交方式，适合所有数据的上传

PX数据上传步骤

以下步骤适合所有数据的上传，PX数据上传工具可从图2所示网址下载，如版本px-submission-tool-2.4。

• 单击px-submission-tool-2.4.rar打开软件（需要安装1.6以上的jre），打开界面如图3和图4所示：

图3. PX数据上传工具

图4. PX数据上传界面

• 选择Partial Submisson选项，点击“Next”，出现图5：

图5. PX数据警告信息

• 点击“是”，出现上传所需要的数据，图6所示，包括搜索的结果文件、原始质谱数据（Raw data）、实验信息等：

图6. 需要的数据信息

• 点击“Next”，进行账号的登录。如果有账号，直接登录；没有的话，需要注册。图7所示：

图7 账号登录

• 点击“Next”，数据描述。包括项目名称、关键字、项目描述等。图8所示：

图8 数据描述

• 点击“Next”，添加文件。包括必须的文件搜索结果文件和raw文件等，如图9：

图9 增加数据

• 点击“Next”，文件的关联。如图10：

图10 数据关联

• 点击“Next”，添加实验详细信息。包括物种、组织、仪器等，如图11：

图11 实验详细信息

• 点击“Next”，实验室信息。包括实验室PI、邮箱、项目描述，如图12：

图12实验室信息

• 点击“Next”，额外的信息。这一步可选，不写也可以，如图13：

图13额外的信息

• 点击“Next”，数据总结。包括数据个数、类型，如图14：

图14数据总结

• 点击Submit，完成数据的上传。

注意：如果单击打不开，转到px目录利用cmd打开: java -jar px-submission-tool-2.0.1.jar