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将Dicom格式转换为Nifti文件-方法2

 医贰叁Doc 2020-11-09

将Dicom格式转换为Nifti文件-方法2

我们要做影像资料后处理分析,需要最常用到的软件是freesurfer、3D Slicer、spm12,但是他们不能直接处理标准dicom格式的文件,因此我们需要把dicom文件转换成NIFTI格式(analyze格式)。有多种方法可以将Dicom格式转换为Nifti文件,今天为大家介绍一种比较科研的方法。PET,MR,CT等数据都可以用这种方法处理。

一、程序准备:

  • 需要软件:SPM12

  • 下载地址:https://www.fil.ion./spm/software/spm12/

  • 安装方法:解压后即可,只需要在Matlab平台下添加路径即可

  • 注意事项:请下载与自己电脑操作系统对应的版本 

  • Matlab安装方法请大家自行百度


spm12操作视频,请全屏观看

二、操作方法:

  1. 准备好需要转换的dicom文件夹,

  2. 打开Matlab,在命令行窗口输入spm来启动程序,进入menu界面,

  3. 点击  DICOM Import 按钮,进入Batch界面

  4. 点击 DICOM files 选项,找到需要转换的dicom文件夹,打开以后选取全部文件

  5. 再点击上方RUN启动按钮,几十秒钟后即可获得Nifti格式的文件,

  6. 如果文件夹里有多个序列的图像,软件会自动区分,生成多个Nifti文件

Menu界面


Batch界面

转换操作视频,请全屏观看

三、小提示:

  1. Nifti文件转换完成以后会保存在工作路径

  1. 工作路径修改方法:在这里更换目录路径后,工作目录同时修改

  1. 添加SPM时请选择 添加文件夹添加并包含子文件夹可能会出错

  1. 选择项目时,点击键可以全选Select ALL

  1. 该方法目前不能处理DTI文件,可以换用dcm2niigui来完成,具体方法可以参考上一篇 将Dicom格式转换为Nifti文件-方法1

  1. 转换完成后请务必确认图像无误

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