【原】大吉岭茶树品种的全基因组SNP发现-它们的功能影响及其在种群结构和性状关联中的应用

Genome-wide SNP discovery from Darjeeling tea cultivars - their functional impacts and application toward population structure and trait associations
大吉岭茶树品种的全基因组SNP发现-它们的功能影响及其在种群结构和性状关联中的应用
*Genomics

通过测序和鉴定作物种质中功能相关核苷酸变异进行基因分型是揭示所需性状遗传控制的关键步骤。 通过双消化限制性位点相关的DNA测序方法对大吉岭茶的优良品种进行了SNP基因分型。 这项研究报告了从〜10.4GB序列数据中发现的一组54206个高质量SNP标记，涵盖了参考茶基因组的15条染色体。 这些种之间的遗传相关性符合贝叶斯聚类，UPGMA和PCoA方法的分析。 发现的SNP的基因组位置及其对带注释基因的推定作用，使人对其在茶系统生物学中的功能方面有了深刻的了解。 鉴定出一组95个基因受到高影响力变体的影响。 全基因组关联分析21种农艺和生化表型导致性状相关的多态性位点具有很高的置信度（p <0.05和0.001）。