比对软件-Bowtie2

bowtie2

语法很重要！！！！

Usage:
bowtie2 [options]* -x <index> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --interleaved <i> | -b <bam>} [-S <sam>]

双端比对，在此处我们以hg19作为参考基因组进行比对

bowtie2 -p 10 -x /mnt/pub/work/reference/index/bowtie/hg19 -1 Ctrl-2_BKDL202603649-1a-AK2054_1.paired.fq.gz -2 Ctrl-2_BKDL202603649-1a-AK2054_2.paired.fq.gz | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam

输出未必对上的reads（可能是由于测序数据质量的问题导致我的mapping rate一直不高，所以我打算把没有比对上的reads输出出来，然后放到ncbi的blast或者ucsc的blat看一下是什么原因）

nohup bowtie2 -p 5 -x /mnt/pub/work/reference/index/bowtie/hg19 -1 Ctrl-2_BKDL202603649-1a-AK2054_1.paired.fq.gz -2 Ctrl-2_BKDL202603649-1a-AK2054_2.paired.fq.gz -S Ctrl-2_BKDL202603649-1a-AK2054.sam --un-conc-gz Ctrl-2_BKDL202603649-1a-AK2054.clean.fastq.gz &  

上面我加入参数 --un-conc-gz

重要参数---用的比较多的参数，最好记住。