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解螺旋公众号·陪伴你科研的第2418天 肿瘤+单细胞测序，高分文章的敲门砖 以免疫检查点为靶点的肿瘤免疫治疗在多种癌症类型中表现出了显著的疗效。然而，由于肿瘤微环境的异质性，只有少数患者对治疗有反应。单细胞RNA-Seq技术的进展使肿瘤免疫系统的异质性得到了全面的表征，但在整合和利用大量已发表的数据集以指导免疫治疗方面依然存在较大的挑战。 近日同济大学王晨飞、张帆教授以及华西口腔医院李太文教授课题组在国际著名期刊《Nucleic Acids Research》发表了数据库工具——TISCH。该数据库共收集了来自27种肿瘤的79套高质量的肿瘤单细胞转录组数据以及相应的病人信息。此外，TISCH还收集了3套健康人群的外周血单核细胞数据，方便大家对照和了解正常免疫细胞的基因表达水平。 数据库网址为：http://tisch./home/ 为了帮助大家了解这个数据库，下面本工来给大家做个介绍。 主页介绍 进入主页后大家可以看到在上面的红色方框中有两个重要模块“Dataset”和“Gene”。中间的红色方框为快速搜索框，大家可以直接在这里输入基因进行搜索。下面的红色方框为TISCH所囊括的疾病，括号内为数据集数目。 我们以中间的快速搜索为例，输入“MCPH1”，然后会跳转出如下界面，提供多个参数，包括基因名、细胞类型注释、肿瘤类型、数据集中的细胞类型。 我们以乳腺癌（BRCA）为例，可以看到网站会用热图来展示MCPH1在不同乳腺癌数据集中的不同细胞类型中的表达量。 当然网站还提供提琴图来展示表达量，不过似乎不太好看，还是上面的好。 Dataset模块 在这一部分，TISCH提供meta信息、细胞类型注释、表达数据可视化、差异表达、GSEA分析。大家可以在下图的选项中筛选数据，也直接在下面展示的列表中勾选。筛选数据的选项包括肿瘤类型、细胞类型、物种、是否有治疗（无治疗、化疗、免疫治疗、靶向治疗）、原发/转移肿瘤。 数据库支持多数据集的比较模式。我们以上面勾选的肝癌3个数据集为例，勾选后，点击下方的“Compare”，几秒钟后会跳转出如下界面。展示了在这个3个数据集中，不同细胞类型的分布，A2M、PDCD1在不同免疫细胞中的表达。 也支持单数据集的分析。我们以LIHC_GSE140228_Smartseq2为例，点击该数据集后，我们可以看到该数据集下，所有细胞的overview，包括分为20个cluster，还有对细胞类型的注释。 点击上面右边的图，则会跳转出maker基因的表达热图 然后还有不同细胞类型的统计，左边为所有病人的细胞类型分布饼图，右边为每个病人的细胞类型百分比堆叠图。 然后展示了每个cluster的top差异基因，大家可以在选项卡里进行搜索或者选择。
Gene模块 在“Gene”这个功能里，大家可以在“Individual gene exploration”里输入基因名，也可以在“Gene signature exploration”里上传提交。然后网页会展示不同基因在不同细胞类型中的表达，还有基因在不同分组下不同细胞中的表达。“Grouped by”的选项里包括性别、病人、样本、分期、细胞亚型等等因素供大家比较分析。
在“GSEA”小功能里，会展示在不同类型的细胞中上调的基因集和下调的基因集（就问下图颜值高不高！），大家可以在上面的选项中选择KEGG、Hallmark、GO等数据库的基因集进行分析和展示。
同时，TISCH还在单细胞水平计算不同通路的富集值，点击“Single-cell Signature Explorer”即可开启这一分析，同时在下方红色方框里选择不同的通路，然后网页下方即可绘制渲染出相应的结果来供大家“食用”。
关于数据库的介绍就到这里了，单细胞作为近年来出现的新热点，一直被大家所关注。大家在研究的过程中如果遇到感兴趣或者结果不错的基因也可以放进来看一看，可能和免疫扯上关系，然后就开启了新大门。最后希望TISCH数据库能帮到大家，祝大家都有收获！ 
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