1. 对常用的文件格式,比如fasta, blast等,进行读写 2. 对blast, clustalw等常用软件的集成 3. 对NCBI, SwissPort, PDB等常用生物信息学数据库的检索和解析 4. 进化树的构建 5. 基因组数据的可视化 biopython采用了面向对象的开发模式,将各个功能封装成了不同的class。学习biopython, 就是对不同class及其方法的学习过程。为了方便管理源代码,根据不同功能分拆成了不同的子模块,常用的子模块有以下几个 1. Bio.Seq, 提供了Seq类,即生物学序列对象,最常见的就是碱基或者核酸序列,比如fasta文件中保存的序列 2. Bio.SeqRecord, 提供了SeqRecord类,包含了序列的注释信息,比如fasta文件中的序列标识符 3. Bio.SeqIO, 提供了parse方法,来读取不同格式的序列文件,比如fasta/genebank等格式 4. Bio.Align, 提供了MultipleSeqAlignment对象,以及读取多序列比输出结果文件的方法 5. Bio.Blast, 提供了运行blast比对软件的方法,以及解析blast输出结果的方法 6. Bio.Entrez, 提供了NCBI Entrez 系统的接口,可以查询,检索,下载, 解析数据库中的内容 7. Bio.SwissPort, 提供了Swiss-prot数据库的接口,可以查询,检索,下载, 解析数据库中的内容 8. Bio.PDB, 提供了PDB数据库的接口,可以查询,检索,下载, 解析数据库中的内容 9. Bio.Phylo, 提供了查看系统发育树和可视化的各种方法 10. Bio.Graphics, 提供了基因组数据的可视化功能 学习biopython, 不仅可以学习它处理各项任务的具体语法,还可以学习其源代码的组织结构,提供我们的编码能力。在后续的文章中,会详细介绍常用模块的用法。 |
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