写在前面: 今年是2020年工作的第一天,科研任务我首先排在首位,这是对老板和自己负责,晚上去师兄家里吃了顿饭,回来发现十点了,这开始奋笔疾书,为大家带来微生信生物-扩增子V0.1.exe使用指南- 注意百度网盘链接里已经有扩增子V0.1.exe,大家直接将本次链接内容全部下载下来即可按照后面教程安装。 扩增子V0.1.exe 简介 这是我EasyMicrobiome中的一个项目,为的是将整个流程让更多的人可以使用,所以新的一年exe版本就首先问世了。本来我们想将web版本首先出来,但是想想,服务器还不够稳定。同时shiny部分似乎要自己做,但是exe可以有赵向阳同学帮忙使用python搞定,所以就先出现了。 扩增子V0.1.exe 安装 第一步 安装R语言3.6版本你也不需要去官网下载了,这里我提供win版本的R3.6.1。这也是我开发这套exe的版本,使用链接直接下载即可; 备注:R版本大于3.6以上都可以运行,注意3.5版本一下的绝对不可以正常运行。 第二步 安装R包这里我提供两种方式进行安装:第一种,直接使用命令进行安装,需要安装的R包又31个: 这里使用我之前推送的玩转R包 进行安装即可;所需R包我列到推送末尾: 第二种方式,这也是我推荐的方式,使用我的R包备份直接考进去library中即可完成,省时省力气。 这里百度网盘存有两个文件,一个是R,直接双击安装即可,另外一个是这批程序需要的R包,需要下载下来。
将R包拷到哪里呢? 按照如图下方式将R包拷入library中。如果你的R没有安装到默认目录,那么相信你会修改安装目录,也可以找到安装目录,然后进入找到library文件夹,然后考进去就好了。注意如果在拷贝过程中出现提示,是否替换,你就选择替换就可以了。
-第二步:找到这里:(如果安装目录不在这里,就在你的安装目录下面找R即可)
解压:EasyMicrobiom.rar 进入文件夹中,双击,即可运行: 双击之后出现运行界面: 这是就可以点击... 输入自己的otu表格,注释文件和分组文件,这三个文件的格式和宏基因组扩增子教程所有的文件都是一致的,所以你在宏基因组任何一份扩增子教程下面都可以得到,比如我写过的手把手重现science主图Maptree教程中 所需R包安装 如果你要手动安装的话 agricolae
|
|