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微生信生物-扩增子V0.1.exe使用指南

 微生信生物 2021-01-16
  • 微生信生物-扩增子V0.1.exe使用指南

    • 写在前面:

    • 扩增子V0.1.exe 简介

    • 扩增子V0.1.exe 安装

    • 所需R包安装

    • 第一步 安装R语言3.6版本

    • 第二步 安装R包

写在前面:

今年是2020年工作的第一天,科研任务我首先排在首位,这是对老板和自己负责,晚上去师兄家里吃了顿饭,回来发现十点了,这开始奋笔疾书,为大家带来微生信生物-扩增子V0.1.exe使用指南- 注意百度网盘链接里已经有扩增子V0.1.exe,大家直接将本次链接内容全部下载下来即可按照后面教程安装。

扩增子V0.1.exe 简介

这是我EasyMicrobiome中的一个项目,为的是将整个流程让更多的人可以使用,所以新的一年exe版本就首先问世了。本来我们想将web版本首先出来,但是想想,服务器还不够稳定。同时shiny部分似乎要自己做,但是exe可以有赵向阳同学帮忙使用python搞定,所以就先出现了。

扩增子V0.1.exe 安装

第一步 安装R语言3.6版本

你也不需要去官网下载了,这里我提供win版本的R3.6.1。这也是我开发这套exe的版本,使用链接直接下载即可;

备注:R版本大于3.6以上都可以运行,注意3.5版本一下的绝对不可以正常运行。

第二步 安装R包

这里我提供两种方式进行安装:第一种,直接使用命令进行安装,需要安装的R包又31个: 这里使用我之前推送的玩转R包 进行安装即可;所需R包我列到推送末尾:

第二种方式,这也是我推荐的方式,使用我的R包备份直接考进去library中即可完成,省时省力气。

这里百度网盘存有两个文件,一个是R,直接双击安装即可,另外一个是这批程序需要的R包,需要下载下来。 

  • 双击解压,就看到这三十一个R包 

将R包拷到哪里呢?

按照如图下方式将R包拷入library中。如果你的R没有安装到默认目录,那么相信你会修改安装目录,也可以找到安装目录,然后进入找到library文件夹,然后考进去就好了。注意如果在拷贝过程中出现提示,是否替换,你就选择替换就可以了。

  • 第一步:找到这里

-第二步:找到这里:(如果安装目录不在这里,就在你的安装目录下面找R即可) 

  • 第三步 进入R中文件夹:library:

  • 最后一步,将R包拷贝进去即可;

解压:EasyMicrobiom.rar


进入文件夹中,双击,即可运行:

双击之后出现运行界面:

这是就可以点击... 输入自己的otu表格,注释文件和分组文件,这三个文件的格式和宏基因组扩增子教程所有的文件都是一致的,所以你在宏基因组任何一份扩增子教程下面都可以得到,比如我写过的手把手重现science主图Maptree教程中

所需R包安装

如果你要手动安装的话

agricolae
ggalluvial
igraph
psych
UpSetR
Cairo
ggcorrplot
microbiomeSeq
RColorBrewer
vegan
corrplot
ggplot2
network
reshape2
VennDiagram
DESeq2
ggpubr
phyloseq
scales
dplyr
ggrepel
picante
sna
edgeR
grid
plotrix
tibble
ergm
gridExtra
plyr
tidyverse

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