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非编码RNA在调节各种生物过程中起重要作用，并已显示出作为基于组织分类和预后标志物的希望。在血清，血浆，唾液，尿液和其他体液中的细胞外非编码RNA与各种病理状况有关。非编码RNA以高度稳定的细胞外形式在血液中循环，因此它们可用作基于血液的生物标记。miRandola是对各种细胞外循环非编码RNA类型进行全面的人工分类的数据库。  miRandola第一版与最新版本的比较 miRandola数据库2017已经更新到第二版，目前314条3283个条目，7种细胞外RNA形式，1002个microRNA，12个长非编码RNA，8个环状RNA，25种药物，14种生物和动物模型，197种疾病和细胞系，47个样本，最重要的是Vesiclepedia和ExoCarta miRNA数据整合。miRandola旨在成为无创生物标志物的综合数据库，其中也包括其他生物标记，例如细胞外DNA和循环肿瘤细胞。 miRandola http://mirandola.iit./  接下来从五个方面介绍一下怎么充分利用miRandola的数据： 01 BROWSE  我们单击特定数据类型（如microRNA），miRandola会使用过滤和分页功能浏览内容。单击特定的microRNA（在此示例中为 bta-let-7），将看到有关数据库中条目的更多详细信息。 详细信息包括有关目标RNA的信息，疾病，样品类型，细胞外RNA形式（比如外泌体），分离和定量RNA的方法，实验描述/结果，生物，RNA表达，药物和其他数据的信息。   点击Circular RNA，可以看到circRNA from literature所对应的circRNA accession、Organism，这里点击hsa_circ_0002454，会转到CircBase关于hsa_circ_0002454的信息。   还有外泌体，细胞外RNA内容：  可以点击不同的exRNA forms ，外来体包括Ago2、circulating、exosome、HDL、membrane vesicle、microparticle、microvesicle。我们点击membrane vesicle，搜索到了58个外囊泡，结果展示了RNA类别、miRBase ID、潜在的生物标志物、exRNA形式、样品、样本来源、疾病，细胞系或正常状态、实验说明/结果，这都是从每一个相关的文章里面摘出来的。  这里展示的是肿瘤来源的外泌体的Microrna标记作为卵巢癌的诊断生物标记情况。 02 SEARCH miRandola的SEARCH可以搜索特定的RNA，疾病或样品，也可以合并两个感兴趣的术语，比如RNA名称和疾病类型（hsa-miR-21和前列腺癌）都限定。  以hsa-miR-21进行搜索，展示结果如下： 这是hsa-miR-21在的文章信息，包括细胞外形式，和浏览区展示的内容相差不大。 03 Tools miRNA Converter 在这里，miRandola会显示最近5个版本（从版本17到21，最后一个版本）中人类miRBase ID的演变。此注释很有用，因为其他基因表达平台均基于旧的miRBase版本，而旧出版物也是使用了这些ID。通过这个对照，我们可以从文献和ID的最新版本中获得成熟的miRNA ID。 Visualizations 这里miRandola中不同数据类型的图形表示。点击不同颜色，会进入对应的数据list进行浏览。 下面这个是对不同肿瘤类型的Circos plot ，通过这张图可以找到代表最具代表性的肿瘤类型所共有的RNA的疾病网络，单击疾病名称以查看完整数据。 还有代表RNA疾病共存的热图，热图中的值是miRandola中的条目。 04 Articles in the database 如果你好奇数据库中的文章，也可以在Articles in the database这一模块看到对应的作者、标题、文献、发表日期和Pubmed ID。 05 Download 可以下载完整的数据库或单个文件（miRandola v 02/2017）。文本文件包含以下字段：RNA（例如hsa-miR-21），RNA_class（例如miRNA），miRBase_Last_Version（miRBase的最新更新版本；例如hsa-miR-21-5p），miRBase_accession，更多内容可见下图： 以上就是对miRandola数据库的介绍，我们下期再会~ |
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