用户可以使用SC2disease树型浏览器,通过“disease”和“cell type”对数据库信息进行浏览:
用户可以使用“search”功能搜索感兴趣的疾病,基因或细胞类型。以“乳腺癌”为例,搜索可得到一系列细胞类型特异性基因,每个基因的信息将在表格中以一行显示,其中包括疾病名称,实验组织,细胞类型,基因名称,用于描述基因表达的变量名称(log2FC或均值),变量的值,DEG比较,PMID,测序平台和详细信息。单击该基因的名称,将直接跳转至基因在NCBI中的链接,也可以单击“PMID”以浏览原始文献中的更多详细信息。“detail”部分中总结了有关疾病,细胞类型和基因的详细信息。
为了提高不同研究之间的可比性,研究人员通过统一的流程重新分析每个研究的基因表达矩阵。用户可以通过左侧对话框中的疾病名称或基因名搜索他们感兴趣的疾病或基因,点击Search重新分析的数据将在右侧显示。
SC2disease还提供了基于单细胞结果和基于GWAS结果的疾病的共同易感基因,例如用户可以通过左侧对话框中的疾病名称搜索他们感兴趣的疾病,点击Display即可显示scRNA-seq和GWAS检测到的易感基因列表;点击Visualize可以直观地显示结果,在结果图中,x轴是从GWAS结果获得的基因中SNPs的最小P值,y轴是从scRNA-seq结果中获得的疾病易感基因重叠的细胞类型。
用户可在“Download”页面下载SC2disease的数据集。
此外,研究团队还开发了提交页面,为其他研究人员提供了一种方便的方式来上传未记录在SC2disease中的新数据。