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SC2diseases:人类疾病相关单细胞测序数据库

 外科黄文斌 2021-12-13

       转录组在维持细胞身份和细胞分化过程中的时空特异性方面起着至关重要的作用,从而对任何生物体的形成和调节复合物产生深远的影响。单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 技术在过去几年得到了迅速发展,这使得能够以单细胞分辨率研究复杂多细胞生物的转录组学特征,用以研究表达模式中的细胞异质性,深入了解导致正常细胞在不同疾病中变成恶性细胞的原因。SC2diseases是一个源自大量人类研究的 scRNA-seq 数据库。这个新颖的数据库将为研究人员提供基因、细胞和疾病水平的生物标志物。


      链接:http:///sc2disease/hom

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   l  Home

      主页用于展示该数据库的基本信息:收据库收录了22种人类疾病在内的单细胞测序数据

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    l  Browse

       用户可以点击特定疾病或细胞类型浏览单细胞测序信息。

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       点击“+”将展示数据库收录的疾病、细胞,单击后将在页面右侧显示基因、文献等详细信息,点击左上角图片可进行下载。

l  Search

        用户可以输入感兴趣的疾病/基因/细胞类型进行查询

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l  Analysis

       该模块可以用于比较疾病和非疾病状态下各种类型细胞的表达谱。

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     用户可以输入感兴趣的疾病或基因,点击“Search”将在页面右侧显示表达谱。其中logFC为上下调倍数,p_val、p_val_adj可以用于判断上下调是否具有显著差异(一般以<0.05作为有显著差异的判断标准)。

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      选择感兴趣的疾病,点击“Display”可以看到基因SNP信息,点击“Visualize”以图形形式进行展示。

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l  Download

        该数据库中的数据均可免费下载。

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