【原】那么火的肿瘤免疫分析，这个在线数据库就能搞定！

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该数据库这么火，不是没道理！

肿瘤与免疫系统的相互作用在肿瘤的发生、发展和治疗中起着至关重要的作用。

细胞溶解性免疫细胞（T/NK细胞）最初的目的是识别和杀死癌细胞，而肿瘤组织能够形成周围的微环境以促进免疫逃避。

肿瘤还可通过可溶性和细胞表面介质（如PD-L1）和免疫抑制细胞（如调节性T细胞（Tregs）和髓源性抑制细胞（MDSCs））破坏T/NK细胞浸润、T/NK细胞功能和抗原呈递。

因此，阐明肿瘤与免疫细胞的相互作用将有助于预测免疫治疗反应和开发新的免疫治疗靶点。今天我们就一起来看一些这个肿瘤免疫分析的神器——TISIDB数据库。

TISDB数据库（http://cis./TISIDB/）的开发者来自香港大学，数据库相关文章（PMID: 30903160）于2019年10月发表在Bioinformatics杂志（2019IF=5.610）上。截至2021-03-16该数据库相关文章已引用85次（数据来源：PubMed）。

TISIDB数据库集成了肿瘤免疫中多种类型的数据资源，开发者们首先手工整理了2530篇文献中的4176条记录，其中报告了988个与抗肿瘤免疫相关的基因。通过分析高通量筛选和基因组分析数据，确定与肿瘤细胞对T细胞介导的杀伤和免疫治疗的抗性或敏感性相关的基因。

最后，开发者们还计算好了30种TCGA癌症类型的任何基因与免疫特征（如淋巴细胞、免疫调节剂和趋化因子）之间的关联。

开发者通过整合多个数据库和高通量筛选数据，并将其归类到10个类别：Function、Literature、High throughput screening、Immunotherapy、Tumor-infiltrating lymphocytes (TILs)、Immunomodulators、Chemokines、Subtype、Clinical和Drug。

页面设有快速搜索栏，支持输入的项目包括gene symbol、gene name、HGNC ID等，这里我们还是以TP53为例进行演示。选择输入的类型为gene symbol，然后点击下方的绿色submit即可。

在新的页面中显示了检索结果及其别名，点击最前面的基因名即可确定并进入下一步。

1

功能

在概览里面展示了输入基因的基本信息，包括基因名（缩写和全名）、别名、染色体位置、该基因的外部链接（点击相应外部链接的数据库名称可直接进入相应的数据库页面）和本页面的主要内容（功能）。

功能注释包括了1）亚细胞定位、域和功能、2）GO富集分析和3）通路富集分析，点击相应的条目坤云快速挑战至相应的位置。

1）亚细胞定位、域和功能

依次展示了亚细胞定位、域和功能。

2）GO分析和我们熟知的一样，包括了BP、MF和CC三个部分。

3）通路富集分析包括了常用的KEGG和Reactome两种。

2

文献

该页面罗列了肿瘤组织中TP53与抗肿瘤免疫的关系，文献内容主要整理成四个信息：PMID号、肿瘤类型、免疫相关和原文中的重要描述。

在右边的搜索框内可以进行快速搜索来缩小显示范围，如我们只想查看TP53在肝癌中的文献，则可输入liver。

就只会得到2篇文献。

3

高通量筛选

该页面罗列了TP53在检测免疫应答筛选数据集的统计结果，结果主要整理成以下几个信息：PMID号、筛选系统、肿瘤类型、细胞系、数据集、统计结果与免疫的相关性。这里同样也支持快速检索。筛选系统包括CRISPR-Cas9、RNAi和shRNA等。

4

免疫疗法

主要包括应答者与非应答者的表达差异和应答者与非应答者的变异差异两个内容。

1）应答者与非应答者的表达差异

2）应答者与非应答者的变异差异

5

肿瘤浸润淋巴细胞

默认显示了TP53表达与肿瘤浸润淋巴细胞的相关性热图。

鼠标悬停在热图的格子上会显示相应的X轴、Y轴信息及相应的值；右键可以进行图片的下载保存。

除表达外，还可以选择拷贝数变异、甲基化、突变等。

在右边可以选择任意的癌种和免疫细胞来显示具体的情况。

这样就展示了TP53在ACC中的表达情况与Act_CD8的相关图及样本量、统计结果。同样，右键也可以进行图片的下载保存。

6

免疫调节剂

免疫调节剂主要包括免疫抑制剂、免疫刺激剂和MHC分子三类。

1）免疫抑制剂

2）免疫刺激剂

3）MHC分子

7

趋化因子

趋化因子包括趋化因子和受体两类。

1）趋化因子

2）受体

8

Subtype亚型

亚型包括了免疫亚型和分子亚型两类。

1）免疫亚型

2）分子亚型

9

临床

临床包括总体生存分析、癌症分期和肿瘤分级三类。

1）总体生存分析

选择相应的癌种就会出现生存曲线图。

2）癌症分期

3）肿瘤分级

10

药物

药物显示了来自DrugBank数据库的靶向TP53的药物汇总。

图形中的节点可以进行拖动，右上角有下载保存的按钮。

下面还有表格详细展示了靶向TP53的药物信息，做药物研发的小伙伴可以重点关注一下。

虽然这只是TISIDB数据库的快速检索功能，但已经完全够我们使用了。又可以为文章增加几张美美的图表了，赶快用起来吧！

—END—

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撰文丨阿波没有罗

排版丨萌董董

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