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Cytoscape软件全套课程链接 上回说到（超链接）Cytoscape一款开放原代码的网络图绘制与分析软件，功能强大并且对使用者的生信基础没有要求，对于大部分科研工作者来说非常友好。 那么这个软件究竟有哪些功能使其能受到如此多科研人的青睐呢？1、网络图绘制及颜色填充、美化 网络图绘制是Cytoscape最基础的功能，只要在Cytoscape的菜单栏中导入构建网络所需的3类数据表格，即可完成对网络的构建。
并且Cytoscpe可分别对节点、边、网络进行参数设置，包括颜色、透明度、大小、形状等。
在进行参数设置的时候，我们可以将节点、边统一的进行设置，也可以根据上传网络图数据的类型将数据个性化的赋予给节点与边：例如用网络图节点大小代表物种/基因/功能丰度，节点颜色代表不同的样本组，边的颜色代表相关性类型等等。 Cytoscape中的3种映射方式：Diecreat mapping、Passthrough mapping和“Continuous mapping”可以轻松的完成上述情况的展示。 Cytoscape为我们提供了多种网络图的排布方式，适用于不同类型的数据，以下为同一组数据不同的排布展示：
（applied preferred layout）
（Circuar layout）
（Attribute layout）
（Layout-weighted spring Embedded Layout）
（Compound spring Embedder） 4、数据筛选与计算 在Cytoscape主界面左侧控制面板中的“Filter”功能可实现对网络数据的过滤和筛选。
还可以对网络图中的某一列数据进行统计分析，并输出散点图、火山图、直方图来协助绘图者进行更细节的可视化分析。
Cytoscap中内含235个插件，可以协助使用者完成更深入的组学数据挖掘。 例如在进行基因富集分析是常用的 Enrichmeng map；进行蛋白质互作分析时使用到的 MCODE、CytoHubba、CytoNCA…… 下表总结了在组学研究中常用的几种Cytoscape插件及其功能：
所以不论你是正处于数据分析关键时刻的准毕业生，亦或是一名刚刚入学的科研小萌新，都建议你好好的学习这款提升论文档次的捷径软件~ 转载本文请注明本文来自李娟科学网博客。 链接地址：http://blog.sciencenet.cn/blog-3445347-1254192.html |
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来自： 爱读书的云朵 > 《数据获取、统计及处理》
