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科研│PNAS:高分辨率小鼠脑室下区干细胞微环境转录组揭示了谱系、解剖和衰老的特征

 转录组 2021-04-20

编译:微科盟阿温,辑:微科盟景行、江舜尧。

原创微文,欢迎转发转载。

导读

成人神经干细胞(NSC)是脑可塑性的储存库,也是某些胶质瘤的起源。谱系追踪和基因组学方法已经描述了NSC主要解剖部位心室下区(SVZ)内复杂的潜在异质性。为了获得神经干细胞异质性的全面概况,研究者利用一个经过充分验证的干/祖细胞特异性报告基因,结合单细胞RNA测序,实现了从婴儿期到老年期SVZ细胞的无偏分析结果转录数据集的大小和高度特异性允许精确识别嵌入SVZ中的各种细胞类型,包括特殊的实质细胞(神经元、胶质细胞、小胶质细胞)和非中枢神经系统细胞(内皮细胞、免疫细胞)。初步挖掘的数据描绘了四个静态神经干细胞和三个祖细胞亚群形成的线性进展。进一步的证据表明,不同的干细胞和祖细胞群体居住在SVZ的不同区域。随着干细胞/祖细胞群体从新生儿发展到老年人,他们在从静止到增殖的过渡中获得缺陷。进一步的数据挖掘识别阶段性的生物过程、转录因子网络和细胞表面标记,用于研究细胞特性、谱系关系以及成人神经干细胞维持和神经发生的关键调控途径

论文ID

原名:High-resolution mouse subventricular zone stem-cell niche transcriptome reveals features of lineage, anatomy, and aging

译名:高分辨率小鼠脑室下区干细胞微环境转录组揭示了谱系、解剖和衰老的特征

期刊:PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA

IF:9.412

发表时间:2020年12月

通讯作者:Luis F. Parada

通讯作者单位:纪念斯隆-凯特琳癌症中心

DOI号:10.1073/pnas.2014389117

实验设计

结果

内源性Nestin基因启动子/增强子片段(Nes)中特异表达NSC的组分已被鉴定并广泛用于表达SVZ区的转基因蛋白。为了提高鉴定、靶向和分离成人神经干细胞的能力和多功能性,研究者构建了一个名为CGD(CreERT2,组蛋白2B标记增强型GFP和人白喉毒素受体)的转基因,旨在从一个转录本中表达三种蛋白质(图1A和B)。CGD转基因盒的特性,包括适当的蛋白质表达、Cre重组酶活性和白喉毒素受体(DTR)功能,在转基因小鼠系发育之前在细胞培养中得到验证(SI附录,图S1 A–E)。筛选了29个CGD转基因创建人系,以鉴定该人系在胚胎和成人中枢神经系统干细胞/祖细胞室中显示所需的表达模式,而未检测到异位表达(图1C和D)。

1   GFP+细胞与NSC/祖细胞标志物的功能相关性

鉴定和标记NSC谱系的常用标记物包括蛋白GFAP、Glast和CD133。研究人员分析了这些标记物的表达与CGD转基因核GFP报告基因的关系。CGD小鼠矢状面和冠状面成年脑切片的免疫组织化学(IHC)染色证实Glast、CD133和GFAP抗体修饰了最密集的GFP+核(图1E和F),SVZ组织的整体染色显示GFP+ / CD133+ / Glast+ NSC被室管膜GFP-细胞包围形成“针轮”结构(图S1F)。分离SVZ组织的荧光活化细胞分选(FACS)分析表明,只有一小部分CGD-GFP+细胞共表达CD133+(15%),这与CD133lo分类一致(图1G,象限2)。对GFP/Glast共表达的类似分析表明,只有4%的GFP+细胞对Glast呈双阳性(图1G1,象限2-1)。考虑到所有CD133+ / Glast+SVZ细胞(约占整个细胞制剂的2%),不到一半是CGD-GFP+。因此,在SVZ中,CGD-GFP报告基因的表达标志着一个完整的细胞群,包括相当比例的CD133-和Glast表达细胞(图1G11,P11)。接下来研究了CGDGFP表达与双皮质素(DCX)蛋白(一种祖细胞标记物)表达的关系,发现它被排除在高荧光GFPhi细胞之外,而是修饰了一组低荧光GFPlo细胞(图1F)。

1. CGD转基因标记成人脑室下区神经干细胞和祖细胞。A)转基因结构图。紫色的方块代表P2A核糖体跳过元件,将三个基因盒隔开。(B)这幅漫画展示了三种转基因产物在神经干细胞中的定位:胞浆中的Cre-ERT2、细胞核中的H2B-eGFP和质膜上的hDTR。(C)14天胚胎神经发生的转基因GFP显像显示CGD转基因在中枢神经系统发育中的表达。(D) 转基因GFP在成年SVZ和嘴侧移行流(RMS)中的表达增强。(E)2月龄小鼠SVZ冠状切片染色显示CGD-GFP与干细胞标记CD133和Glast共定位。(F)成人SVZ矢状切面上CGD-GFPhi和干细胞标志物GFAP与GFPlo和祖细胞标志物DCX的关系。(G、G1和G11)SVZ中一小部分CGD-GFP+细胞表达CD133(G,15%)或Glast(G1,4%),44%的CD133+Glast+双阳性细胞表达CGD-GFP(G11)。

虽然IHC分析提供了NSC/祖细胞中CGD转基因表达的定性快照,但FACS分析允许对整个SVZ组织进行定量。与IHC研究一致,FACS对GFP的分类显示了三个不同的群体:GFPhi、GFPlo和GFP-细胞(图2A)。将GFPhi分选的SVZ神经球在无血清培养基中培养6天,并应用GFP。大部分(50%)的GFPhi细胞转变为GFPlo和GFP状态(图2 A1和A11)。这些数据与不同GFP水平之间的谱系关系一致。接下来,通过评估低密度双峰的形成和向神经球的进展,更严格地测试了表达CGD-GFP的干/祖细胞的自我更新特性。200个分离的GFPhi、GFPlo或GFP-细胞在96孔板中每孔板上。在16至24小时后检查所有孔是否存在双峰,并在确定神经球数的第6天再次检查(图2B–D)。在最初的24小时内,GFPlo培养物产生双倍体的能力最强。相反,GFPhi和GFP-细胞表现出形成双峰的能力降低。然而,在随后的5天期间,情况发生了变化。GFPhi人群中出现的神经球数量最多(650个),而GFPlo双倍体产生的神经球数量较少(250个)。因此,尽管初始细胞周期进入和双倍体形成效率低下,GFPhi-SVZ群体显示出最大的生成神经球的能力,而GFPlo群体在原代培养和形成神经球的能力有限。在本试验中,CGD转基因表达(GFPhi加GFPlo细胞)基本上占这些试验中形成的所有初级神经球(99.6%)(图2D)。在这些研究中,GFP–SVZ细胞在无血清培养基中未能形成球形和生长(图2D和D1)。新鲜分选的CGD-GFPhi细胞的延时片进一步揭示了GFPhi细胞内在的功能异质性。一组细胞在24小时内形成双峰,而另一组细胞在进入细胞分裂前保持单峰2天或更长时间。这些数据表明SVZ细胞GFPhi队列中存在额外的功能异质性

分离SVZ组织的CGD-GFP FACS分析确定约39.9±2.4%(n=4)的分选细胞为GFP+,GFPhi组成为∼19.4±1.5%(n=4),GFPlo组成为约20.5±3.5%(n=4)。这些数据与成年小鼠SVZ中存在的细胞类型的解剖学估计一致,报告称B型细胞(干细胞)占区域细胞群的20%以上。相反,其他SVZ生态位研究利用标记和/或报告基因的组合来富集NSC或祖细胞。据报道,这些不同的标记组合,包括Glast、CD133、EGFR和GFAP-GFP等报告基因,产生的NSC群体占SVZ制剂的2-4.4%,表明整个SVZ群体的代表性明显不足。

为了进一步研究体内相对静止与增殖状态,新鲜分离和分选的SVZ-GFPhi和GFPlo细胞进行了大量RNA-seq转录组分析。基因集变异分析(GSVA)使用五组细胞周期时相基因签名表明,虽然GFPhi细胞均匀地表现出低细胞周期基因表达,但GFPlo细胞具有稳健的表达(图2E)。总之,这些观察结果表明,SVZ中CGD-GFP转基因表达细胞的功能更为复杂,超出了基于干细胞和祖细胞蛋白标记的方法的区分能力。

研究者还使用已发表的SVZ干/祖细胞特征对CGD-GFPhi和GFPlo批量测序数据进行了GSVA分析。差异表达基因(DEG)显示GFPhi和“静止”NSC群体之间存在大量重叠,GFPlo和“激活”NSC群体也存在重叠(图2F和SI附录,图S2 A和B1)。基因本体论GOGFPhi/GFPlo-DEGs的分析确定了几个富含GFPhi细胞的干细胞信号通路,包括葡萄糖代谢、脂质代谢途径和氧化还原。GFPlo细胞呈现细胞周期相关的特征,包括转录、翻译、核糖体生物发生(图S2 C-E和数据集S1 C和D)。总之,这些结果表明CGD转基因为SVZ干细胞和祖细胞的全面鉴定和高效富集提供了一个有效的工具。

2. 功能分析证实CGD在成年神经干细胞和祖细胞中的表达。A和A11)对整个成人SVZ的FACS分析描绘了两个GFP群体:GFPhi和GFPlo以及GFP-细胞。A1显示了a.(A11)中所示相同数据的GFP表达直方图。当置于无血清培养中时,GFPhi细胞依次进入GFPlo和GFP状态。(B)下面是双峰和球体形成分析的时间线图。(C和D1)C和C1 24小时双峰的代表性图像和统计分析,以及随后的(D和D1)6-D球体形成分析,用于FAC分类的成人SVZ-GFPhi、GFPlo和GFP-细胞。注意,尽管双峰形成效率低下,但最初静止的GFPhi细胞形成神经球的效率最高。(E)在对GFPhi-和GFPlo-分选细胞进行RNAseq后,与GFPlo细胞相比,使用细胞周期特征的GSVA表明GFPhi细胞的增殖状态较低。(F)GFPhi和GFPlo细胞的DEGs与已发表的静止干细胞和活化祖细胞信号具有高度一致性。

2   SVZ NSC/祖细胞亚群的鉴别

为了检验CGD-GFP分类是否会导致SVZ组织中NSC/祖细胞范围的过度偏倚,研究者转向单细胞RNA测序SI附录,补充材料和方法)。解剖来自三只成年小鼠的整个CGD转基因SVZ,提交给FACS进行细胞存活(DAPI–),并对∼2000 DAPI–细胞进行单细胞RNA测序。这种制剂含有GFPhi、GFPlo和GFP-细胞(称为UNB)的无偏混合物。在一个平行实验中,来自6只CGD转基因小鼠的SVZ被解剖、混合,并被分类为相对GFP水平(高、低或阴性)。Seurat包利用t-分布随机邻域嵌入(tSNE)投影对两个实验的细胞组进行聚类和可视化。然后,将从四个样本(1600个GFPhi细胞、1900个GFPlo细胞、1100个GFP-细胞和2000个UNB细胞)收集的整个单细胞测序数据进行组合,得到14个一致的分组(图3 A和B)。GFPhi细胞主要分布在四个组(H0到H3)GFPlo细胞在三个单独的组(L0到L2)中富集GFP-细胞分布在其余七个组(GFP-:N1到N7;图S3A)/祖细胞系以CGD-GFP+(GFP+:H0–L2)细胞为主(图3A和B),占SVZ中GFPhi细胞的99%和GFPlo细胞的92%(图S3A)。相反,GFPhi和GFPlo细胞共同代表GFP:H0–L2亚组中96%的细胞(图S3A)。独立检测UNB单细胞数据集来检测CGD转基因转录的表达。CGD转录本仅在与GFP+亚组相对应的七个亚组中可明显检测到(GFP:H0–H3和GFP:L0–L2)归因于分类的GFPhi和GFPlo单细胞测序数据集(图S3B)。因此,单细胞测序揭示了静态(GFPhi)和祖细胞(GFPlo)细胞群中潜在的分子异质性,这些细胞群先前在图2E所示的样本的大量RNA测序中被掩盖。得出结论,CGD转基因专门有效地标记了大多数SVZ衍生的干细胞/祖细胞。

研究者进一步分析了14个SVZ亚群的转录组,以确定每个亚群中的DEGs和唯一表达基因(UEGs)。数据显示了不同数量的DEGs,范围从114到1454个基因,每个亚组的UEGs范围从1到866个(图3C和数据集S2B和C)。毫不奇怪,GFP-细胞是最异质的SI附录,数据集S2B),七个亚组中的每一个都表现出不同的特异基因和转录途径,代表正常脑实质中细胞的光谱,包括髓鞘形成(少突胶质细胞-少突胶质细胞前体细胞;N1-N3),突触传递(神经元:N4)、免疫调节途径(淋巴细胞:N5)和血管系统(内皮细胞和内皮祖细胞;N6–N7)

 图3. 成人SVZ单细胞RNA测序分析揭示了7个可区分的CGD-GFP+组。(A)从分类的SVZ样本(UNB、GFPhi、GFPlo和GFP-细胞)的总和进行Seurat分析的tSNE投影显示出14个群体。(B)在SVZ细胞tSNE坐标上的标准化CGD表达显示其在干/祖细胞群体中的优先表达。(C)DEGs可区分14种SVZ细胞类型。热图是利用每组前10个独特的基因生成的。

在经典NSC标记基因的GFP+亚组中,只有GFAP信使RNA(mRNA)真正局限于GFPhi:H0–H3组,尽管它们之间似乎没有区别(SI附录,图S3C)。CD133 mRNA在所有7个GFP+亚组和GFP-:N7内皮前体亚组中显示持续但低表达(SI附录,图S3C)。Glast转录在GFPhi:H0–H3组中最高,但在整个SVZ中持续表达(SI附录,图S3C)。类似地,所有四个GFPhi亚群表达NSC相关转录因子,包括Sox2、Sox9和Id4(图4A和SI附录,图S3C1)。相反,与祖细胞相关的转录因子如Ascl1、Dlx1和Dcx在四个H0到H3组中缺失,但在GFPlo群体中富集(图4B)。用于鉴定GFPlo与GFPhi-SVZ细胞增殖活性的细胞周期基因特征(图2E)应用于单细胞测序数据并揭示了更高的分辨率SI附录,图S4A)。在三个GFPlo组中,L1明显是有丝分裂最活跃的,并且这种活性与L0和L2组不一致,如批量测序数据所示。此外,GFPhi组的数据显示,尽管细胞周期基因表达总体有限,但存在异质性。GFPhi:H2组也表现出G1/S期的活性,这可能代表自我更新(SI附录,图S4A)。GO分析(SI附录,数据集S2D)将四个GFPhi亚群与干细胞相关功能相关联,包括纤毛形态发生、氧化还原、稳态过程、前体代谢物的产生。GFPlo细胞与细胞周期和增殖基因以及祖细胞的特征相关。因此,单细胞测序与GFPhi和GFPlo细胞群的大量测序数据一致,但还揭示了SVZ内静止和祖细胞NSC状态的细节。

3   静止型NSC的四个亚群

为了确定GFPhi-NSC基因的核心集合,研究比较了四个GFPhi群体中的每一个与其余亚群的表达。这在四个CGD-GFPhi组中产生了121个共同表达的基因(SI附录,数据集S2G)。先前和相关研究报道了130个成年小鼠SVZ单个细胞的RNA测序,这些细胞被预先分类为Glast+/CD133+,并通过EGFR水平进一步评估(分别称为qNSC或aNSC)。该研究还使用PSA-NCAM抗体对神经母细胞进行了预分类。通过探测14个GFP+和GFP-亚组(包括CGD-GFPhi 121共享基因签名)中的基因签名的存在来分析这一公布的数据集(图4C和数据集S2G)。在分化的实质细胞群之间观察到显著的相关性(例如。,GFP:L2至NB神经母细胞;GFP–:N1-3到少突胶质细胞,图4C),但不是更静止的亚群。为了检测GFPhi人群中CD133蛋白的表达,使用CD133抗体和GFPhi:H0特异性标记Fas-CD95进行了FACS分析(SI附录,图S4B)。结果表明,只有一半的GFPhi;CD95+(GFPhi:H0)细胞共表达CD133蛋白(图4D和D1)。相反,在GFPhi;CD133+细胞中,只有20%的细胞表达CD95(图4E和E1)。因此,基于CD133的SVZ排序将只预先选择一个子集GFP:H0细胞加上额外的GFPhi细胞。

接下来,研究者共同检测了四个GFPhi组(H0–H3)与静态NSC维持和增殖相关的生物过程的表达获得了1914个基因与18个相关生物过程的综合列表(图S4D),其中一些与GFPhi与GFPlo分析重叠。对121 GFPhi亚组基因列表的进一步分析确定了五种转录因子和网络,包括Sox9和Srebf1,它们可能调节qNSC的维持(图S4E和E11以及数据集S2H)。

4   CGD-GFP+干/祖细胞群的线性发展

上述数据与从静止(GFPhi)到增殖(GFPlo)细胞的发育关系一致。为了进一步检验这个模型,根据随机扩散模型,应用降维设计的“命运”包来产生从一个细胞到另一个细胞的转移概率。SVZ-CGD-GFP+细胞的伪时间排序从CGD-GFP:H1亚群开始,并进展到L2群体(图4F)。值得注意的是,H0组并没有很好地沿着连续体分离。这可能是由于这个群体的规模相对较小,这可能无法提供足够的转录深度和细节,使这种算法能够区分它。

最近的解剖学和谱系SVZ研究报告了以前未被重视的区域异质性水平为了评估本研究中观察到的转录异质性是否可能在空间上反映在SVZ中,检测了静止和祖细胞GFPhi-lo(H0-L2)特异性转录的区域分布。Allen脑图谱原位杂交脑面板集合中检测了来自CGD-GFP:H0-L2组的10个UEG评估其在SVZ内的表达谱。利用脑矢状位图,将SVZ的前壁分为五个相等的区域,最腹侧的值为1,最背侧的值为5。研究者发现,H0细胞主要分布在最腹侧的SVZ,而L2亚群则集中在背侧区域(图4G)。

解剖学研究表明,SVZ中的B型细胞是成年NSC。也有报道指出室管膜细胞是神经干细胞的来源。不过,也有人对此表示反对。研究检测了Luo等人描述的“室管膜NSC”特异性“hub”基因,发现它们在GFP-:N7群体中特异性富集本研究的分析确定它们为与GFP+NSC/祖细胞无关的内皮祖细胞(SI附录,图S5 A和B以及数据集S2D)。GFP–:N7细胞在培养中不具有神经干/祖细胞特性(图2D),并且Luo等人的基因集不存在于GFPhi(H0–H3)或GFPlo(L0–L2)细胞中(SI附录,图S5A)。因此,本研究分析从SVZ干细胞GFPhi细胞群中排除了Luo等人的室管膜细胞特征。

 图4. GFPhi细胞分解为四个亚群的静止神经干细胞。(A)NSC特异性转录因子在GFPhi亚群中富集(所有SEs<0.6;单位标度为10000计数/细胞)。(B)神经祖细胞特异性转录因子在GFPlo亚群中富集(所有SEs<0.2;单位为标准化值,标度为10000计数/细胞)。(C)GFPhi和GFPlo亚群特异性基因特征提高了已发表SVZ细胞测序图谱的分辨率。用我们的标记分析了在llorensbobadilla等人发表的155个细胞的转录组。每列代表一个单元格。(D、D1、E和E1)FACS分析显示(D和D1)约为GFPhi的一半;CD95+细胞也是CD133+,并且(E和E1)约为GFPhi的20%;CD133+细胞是CD95+。(F)伪时间分析提供了单细胞转录谱的最近邻随机游走,揭示了从GFPhi:H1到GFPlo:L2的线性进展。(G)H0细胞优先位于成人SVZ的腹侧,如Allen脑图谱表达谱所示。

5   GFP:H0细胞具有独特的NSC属性

纤毛在B型神经干细胞和室管膜细胞中的存在已被证实。GFP+细胞中,转录组分析将纤毛特异性指定给CGD-GFP:H0亚群,除CD133外,在GFP–:N7亚群中不存在(图S5C和数据集S2D)。为了进一步确定GFP:H0亚群的特征,对SVZ细胞进行了单细胞测序。检测UNB、GFPhi、GFPlo和GFP细胞的GFP:H0独特基因表达。由于存在一定的变异性,所有受试的管家基因(Actb和Hsp90ab1)都在所有样本中表达(图5A)。四个GFP:H0特异性基因Tmem212、Dynlrb2、Fam183b和1110017D15Rik在GFPhi样品中富集(图5A)。GFP样本始终显示所有四个基因的转录水平最低,Fam183b和1110017D15Rik低于检测水平。为了特异性分离GFP:H0细胞进行功能分析,细胞表面标记CD95被证明对FACS分析有效,CD95+/GFP+分选产生在GFPhi细胞内富集的0.7%群体(图5B)。这一低百分比与整个制剂中GFP:H0细胞的低代表性一致(图S3D)。GFP-细胞也含有约1%的CD95+细胞,很可能是GFP-:N7细胞(图S5D)。CD95表达一致性的进一步分析表明,CD95+细胞趋向于更高的GFP蛋白水平,这与GFP:H0细胞中CGD转基因的最高转录水平一致(图S4B和S5 E和F)。

为了进一步评估CGD-GFPhi;CD95+细胞作为GFP:H0亚组的身份,将用于qRT-PCR验证的四个候选基因重新用于分析分类的GFPhi;CD95+和GFPhi;CD95-细胞。尽管所有样本中都存在管家基因表达,但四个GFP:H0特异性基因在GFPhi细胞中显著富集(图5C)三个细胞进一步富含GFPhi;CD95+细胞(图5C)。

接下来比较了GFPhi;CD95+、GFPhi;CD95-、GFP-;CD95+和GFP-;CD95-细胞在双峰和球体形成分析中的差异。与前面的观察结果一致,两个GFP样品没有形成双峰或球体(图2C和D以及图5D和E1)。与GFPhi;CD95-细胞相比,CD95+细胞形成较少的双峰,但更多的球体(图5D和E1)。这些结果与GFP:H0(CD95+)细胞代表一个离散的静态NSC群体的假设相一致,当最初培养时,进入细胞周期遇到了更大的困难,但在最终的神经球形成过程中超过了B型GFP:H1–H3细胞。此外,用GFP荧光对CD95抗体进行免疫染色,证实存在一个优先位于腹侧SVZ的双阳性细胞群(SI附录,图S5G)。综上所述,研究数据表明GFP:H0细胞是SVZ干细胞的一个特殊的、区域性的离散的、静止的亚群。

 图5. H0细胞具有独特的干细胞样特性。(A)在单细胞测序样本中,通过qRT-PCR验证了四个H0特异性基因(Tmem212、Dynlrb2、Fam183b和1110017D15rik)的表达。基因表达水平标准化为UNB细胞。(B)CD95 Fas受体抗体标记一个GFPhi亚群和一个GFP-细胞亚群。所有的数字代表每个人口在整个SVZ中的百分比。(C)GFPhi;CD95+细胞表达H0特异性基因。用GFP和CD95分选细胞对H0特异基因进行qRT-PCR检测。基因表达水平标准化为GFPhi细胞。(D和D1)24小时时GFP和CD95分选细胞形成双峰的代表性图像和量化。注意GFPhi;CD95-细胞在形成双峰方面更有效。(E和E1)GFP和CD95分选细胞球形形成的代表性图像和量化。

6   CGD-GFP+细胞数量随年龄增加而减少

研究者扩展了SVZ-NSC/祖细胞系单细胞分析在衰老过程中的应用。在本研究中,对2周龄和1、2、8和12个月龄的CGD-SVZ样本进行了GFP表达的FACS分析结果表明,GFPhi和GFPlo种群均随年龄增长而减少。到12个月时,GFPhi群体(2.3±0.1%,n=2)比2周龄的样本(24.9±2.7%,n=3)减少了10倍以上,GFPlo群体(5.4±0.4%,n=2比38±2.2%,n=2)减少了7倍以上(图6 A和B)。为了进一步分析,在2个月大的SVZ样本中选择了具有组特异性表达谱的基因(SI附录,图S6A)。其中,Sox2在所有GFP+细胞中高表达;E2f1和Mki67在GFP:L0–L1中特异性诱导;DCX在GFP:L1–L2亚群中表达(SI附录,图S6A)。研究者发现,随着年龄的增长,GFP+细胞和L1–L2标记物都显著减少(图6C–H)。在10个月的样本中,CGD-GFP双阳性细胞和上述基因几乎完全耗尽(图6C–H和SI附录,图S6B和C11)。这些结果表明,静止的SVZ-NSC在衰老过程中逐渐丧失进入细胞周期的能力。

为了检测7个CGD-GFP+群体中每一个的年龄相关变化,使用2周和2、6和12个月时获得的SVZ组织进行单细胞RNA-seq分析5600个细胞的联合分析确定了13个主要亚群SI附录,图S7A)。该列表包括2个月大时原始抽样确定的14个亚组中的13个,包括所有7个GFP亚组(N1-N7),以及对应于GFP:H1-H3和GFP:L0-L2的6个GFP+亚组(SI附录,图S7A-D)。在本研究中,GFP:H0亚组的代表性不足,没有形成单独的聚类,而是与GFP:H3亚组合并(SI附录,图S7A-D)。

 图6. CGD-GFP+细胞随年龄增长而减少。(A和B)全SVZ FACS分析描绘了CGD-GFP+细胞从2周(A和B)、1个月(A1和B1)、2个月(A11和B11)、8个月(A111和B111)到12个月(A1111和B1111)的年龄减少。(C–E)IHC染色显示在2周(C–C111)、2个月(D–D111)和10个月小鼠脑矢状切片(E和E111)中,CGD-GFP(C、D和E)与Mki67(C1–E1)和DCX(C11–E11)相当丢失。(F–H)2周(F–F111)、2个月(G–G111)和10个月(H–H111)小鼠大脑中CGD-GFP(F–H)和干/祖细胞标记E2F1(F1–H1)和Sox2(F11–H11)的IHC染色。

7   静止型NSC在老年SVZ中无法向祖细胞过渡

然后研究者分析GFP+亚群,发现2周SVZ含有最高比例的干/祖细胞(GFP:H3–L1),与最高的CGD转基因表达一致(图7 A和B)。在12个月的时间里,GFP:H3–L1亚组的代表性越来越低(图7 C和D)。用从2-wk和2-、7-和15-mo SVZ分离的GFPhi / GFPlo / GFP-细胞进行的双重/球体形成试验也表明,在老化过程中,GFPhi细胞的球体形成能力持续下降(图7 E和F)。因此,GFP:H3–L1从静止状态到增殖状态被破坏,表明随着年龄的增长,静止状态的细胞激活出现缺陷。

为了进一步研究过渡缺陷,研究者比较了2个月和12个月之间SVZ-GFPhi亚群(H1-H2,图7C,黑色虚线)和GFPhi-lo过渡亚群(H3-L1,图7C,棕色虚线)。12个月H1-H2谱系样本产生1169个上调基因和243个下调基因,而H3-L1谱系产生272个上调基因和1228个下调基因。GO分析表明两个年龄段SVZ患者的主要特征包括翻译增加H1–H2簇在RNA剪接、mRNA处理和染色质组织过程中表现出额外的活性(图7G和数据集S3d–J)。老年小鼠H3-L1细胞系表现出细胞周期、蛋白质分解代谢和定位以及大分子分解代谢过程的下调。转录因子负责上调和下调基因组在每个集群也被确定。虽然Myc和Sp1与两个谱系中的老化模式开关有关,但Srebf2-Creb1-Tfap4和E2f1-Ctnnb1-Sp3-Trp53与H1–H2或H3–L1簇相关(图7G)。这些生物过程和转录因子为克服NSC的衰老缺陷提供了潜在的靶点。

 图7. 老化的静止神经干细胞在向祖细胞状态过渡时表现出缺陷。(A)tSNE投影显示了四个年龄样本的神经干/祖细胞谱系分布:2周和2、6和12个月。(B)在每个GFP+亚组中,CGD转录水平随年龄持续下降。(C)直接比较2-mo(红色)和12-mo(紫色)样本之间的神经干/祖细胞分布。注意,在12个月的样本中,GFP:H3–L1谱系的表达明显偏低。黑色虚线表示H1–H2谱系,棕色虚线表示H3–L1簇。(D)每个GFP+亚组(H1–L2)在不同年龄点分布的定量说明。注意H3–L1谱系从2个月到12个月的成年SVZ持续减少。(E和F)SVZ-GFPhi、GFPlo和GFP-细胞随年龄变化的双峰和球体形成分析的量化。注意,到7个月时,GFPhi群体开始失去从双峰向神经球转化的能力,这与体内从H3向L1转化的能力降低一致。(G)这幅漫画描述了老年小鼠与年轻小鼠相比成年神经干细胞的激活阻滞。

结果

神经干细胞在正常生理中具有重要的功能,值得深入研究和认识。此外,神经干细胞可能是成人大脑中数亿细胞中少数或独特的细胞之一,这些细胞有能力产生恶性脑肿瘤,如胶质母细胞瘤。这种疾病是最难治的疾病之一。在本研究中,研究者提出了7个干/祖种群,为进一步研究从干细胞到肿瘤细胞起源的机制奠定了基础。最后,CGD转基因为分离成年神经干细胞和肿瘤相关细胞类型提供了一种实用的GFP报告方法。这包括通过CreERT2条件敲除检测候选基因功能的能力,以及通过靶向细胞消融研究转基因表达细胞在DTR脑病理中的潜在作用。


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