随主征战
义熙五年(409年)四月，刘裕北伐南燕，王仲德担任北伐前锋，逢有战斗就战败敌人，前后打了二十多场大小战事，尽皆获胜。次年，北伐军成功灭亡南燕，收复山东。王仲德进号为“建武将军”。
义熙六年（410年），卢循乘刘裕北伐南燕之际，出兵北上攻打东晋，接连击败何无忌、刘毅，进而逼近京师建康。刘裕当时虽然及时回防建康，但手下士兵都是刚刚从南燕出征回来，可作战兵力才数千人，兵力远远不及聚众达十万的卢循军，故当时京师建康中的很多文武官员建议迁都回避，只有王仲德脸色严正地说：“当今天子对着太阳、面向南方，各位明公著名当世，共同辅佐，新建大功，威震四海。妖寇猖狂，是趁我们远征，一旦凯旋入京，他们将自行逃散。如果今日投向草莽，则和匹夫相同，匹夫来发号令，怎么能有权威？这种计谋如果能够确立，在下请求从此告辞。”刘裕听后很高兴，最终决定坚守建康，并让王仲德率军坚守越城抵抗卢循进攻。卢循后率军进攻越城，结果久攻不下，于是从蔡洲方向南撤，留下部将范崇民率精兵五千、战舰百余，占据南陵，设防，以堵截刘裕军反击。刘裕于是派王仲德率众追击卢循，加王仲德为“辅国将军”。王仲德率军于南陵，大破范崇民，击溃卢循军布下的防线，烧毁其船舰，收编其散兵。
义熙七年（411年），刘裕统领大军正式反攻卢循。刘裕先派王仲德率领二百艘舰船往吉阳设防，断绝卢循军的去路。卢循、徐道覆见去路被断，便率军，乘船顺水而下，试图猛攻晋军大本营的雷池，刘裕统军抵御，并火攻卢循军，卢循军大败，退回浔阳。随后，刘裕召回王仲德让他还担任前锋，率军追击卢循。晋军追至左里，卢循在左里设置栅栏隔断江面。刘裕亲统大军与卢循在左里展开决战，王仲德率前锋部队在前冲锋陷阵，突破卢循布置的栅栏防线，随后又击溃徐道覆，其余各路晋军乘胜追击，卢循乘小船逃走。经此一役，卢循军主力消亡殆尽，大势已去。王仲德功劳冠于诸将，刘裕上表为王仲德彰功，封为新淦县侯。
义熙十二年(416年)，刘裕北伐后秦，晋升王仲德为征虏将军，担任冀州刺史，督前锋诸军事。冠军将军檀道济、龙骧将军王镇恶开向洛阳，宁朔将军刘遵考、建武将军沈林子出往石门，宁朔将军朱超石、胡藩开向半城，都受王仲德的统率。王仲德率龙骧将军朱牧、宁远将军竺灵秀、严纲等开通钜野泽被淤塞的旧河道以连通黄河，随后王仲德率军进入黄河，在东郡凉城大破北魏军，收复凉城，并逼近北魏占领的滑台，北魏滑台守将尉建恐惧逃走，王仲德于是乘势入城，并声称：“晋国本来想以七万匹布帛换取魏国借道，岂料魏国守将突然弃城逃走。”东晋于是收复滑台。随后，王仲德总合各路军队会和刘裕大军攻进潼关。
义熙十三年（417年），长安平定，刘裕任命王仲德为太尉咨议参军。刘裕打算迁都到洛阳，众人讨论都认为是适当的。王仲德说：“不同寻常的事是人们所惊骇的，现在军队在外已经很久，将士们都想回去，所以应当以建邺为王业的基础。迁都应该等到国家全部统一以后。”刘裕十分赞同，并派王仲德负责押送姚泓先回彭城。
