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专访百葵锐生物丨打造高效运作的“蛋白分子机器”,AI与合成生物学将这样改变蛋白质工程

 生辉 2021-05-18

如何实现蛋白分子机器的高效运作呢?我们通过大数据驱动和合成生物学的综合应用来实现。” 李华珍博士在接受生辉采访时这样说。

百葵锐生物是由 3 位海归组成的创始团队在 2018 年开始筹划,并在 2019 年 4 月正式成立的一家新兴生物技术公司。李华珍博士,就是创始人之一,他毕业于澳大利亚莫纳什大学,目前担任着百葵锐生物 CTO。

图丨李华珍博士(来源:受访者提供)

百葵锐的主要研发方向是:“蛋白分子机器”,这个机器,可以拆分成两类 “零件”:“酶” 和 “支架”。酶,就是具有特定功能的蛋白质,支架,是自组装蛋白及多肽的代称,可以理解成一个可以让酶更高效运作的平台。

而支持酶高效运作背后的关键,就是 “AI” 和 “合成生物学”。

利用 AI 设计蛋白质将能够更加准确,而运用合成生物学的工程学思维,蛋白分子机器里面的蛋白、多肽等零件将会被拆分,成为一个个零件模块,分别储存。

之后,当你要实现一些功能时候,你只需要将某些功能的零件找出来,之后像搭积木进行组装,“即插即用”,就可以快速得到想要的蛋白分子机器!

图丨合成生物学的零件模块思维(来源:Asimov)

正是这些技术上的优势,这家成立不到 2 年的初创公司,已经通过 CRO 实现了营收,财务状况良好;在产品上,研发进展也在稳步推进。近期,他们计划进行 Pre-A 轮融资,目标 2000 万人民币。

市场痛点 7-ADCA:数据导向的蛋白质定向进化

7-ADCA,是合成头孢抗生素重要的半合成中间体,也是百葵锐创业团队回国后瞅准市场研发的第一个产品,同时,该项目还得到了天津 2019 年合成生物产业创新专项 200 万人民币的支持。

谈及创业和第一个产品时,李博士回忆说,最关键的一步是逆向设计产品,以目前市场上的痛点作为切入,结合团队技术优势。当时着重考虑的因素有两点:市场规模和技术竞争优势,最终,他们将目光放在了医药中间体 7-ADCA。

市场规模上,7-ADCA 每年大概有 50 亿人民币的需求量。目前,国外最先进的 7-ADCA 生产商是荷兰帝斯曼,使用的是纯生物合成方法,而在国内,还是多以化学合成方法为主。也因此,在环保压力下,国内许多 7-ADCA 已经关停,产生了很大的缺口。

而在技术上的竞争优势,李博士告诉生辉,就算是最先进的荷兰帝斯曼,其工艺流程也是相对复杂的,用的是胞外多步酶催化。而百葵锐利用自身的技术优势,开发出独有的细胞工厂,可以在生物体内就完成 7-ADCA 的全合成

图丨细胞工厂(来源:Nature

而在生物体内实现全合成这一突破的技术核心是:使用了数据导向进行蛋白质精准设计,使得蛋白质获得了原本没有的功能。

百葵锐生物利用了大数据驱动下的 AI 学习辅助分子设计及同源蛋白定向进化,直接对 7-ADCA 代谢通路中的关键酶进行设计及改造,可以从根本上改变传统的生产工艺。

李博士介绍说,这项技术目前在同领域中处于领先水平,在成本上,更是做到了比荷兰帝斯曼更低,而帝斯曼的成本又比国内化学合成法低得许多。这,便是百葵锐技术优势的一个体现。

数据驱动蛋白 “无中生有”,由此可见,定向进化中的数据信息,是蛋白质工程中极其宝贵的财富。怎么更好地挖掘这一财富,AI 和机器学习,就是不二之选,百葵锐也敏锐地察觉到了这一点。

李博士说,他们目前正在计划跟 AI 领域公司合作展开蛋白分子设计,以便更好地使用自身的技术和数据上优势,准确高效地设计蛋白质。

类噬菌体颗粒蛋白:合成生物学的功能零件拼装

之后,在如何结合 “合成生物学” 的技术上,李博士向生辉介绍了另一个正在重点推进的项目:类噬菌体颗粒蛋白

在这个项目中,百葵锐团队利用合成生物学的方法,基于自身拥有的蛋白质机器元件库,根据功能需求,可以拼装出想要的类噬菌体颗粒蛋白。

类噬菌体颗粒蛋白,是一种生物技术上的新突破,目标是替代抗生素起到杀菌效果,从而缓解日趋严重的抗生素耐药性问题。

能够针对细菌的噬菌体,天然就是抗生素的替代品。而噬菌体自身的能力也展现出了这方面的潜力,比如它的专一性很强,只针对某一种细菌,因此可以避免误伤有益菌及机体本身的细胞。

图丨噬菌体侵染细菌(来源:Wiki)

不过,这种杀伤的专一性,也带来了一些问题,因为在肠道菌群或者感染部位等区域,存在着各种各样致病菌,其致病的原因往往也是复杂的。

因此,要想像抗生素一样能够针对更多的致病菌,那么,如何集成更多的噬菌体功能,是关键点也是难点。

应对多种耐药菌,目前更多采用的噬菌体鸡尾酒疗法(像混合鸡尾酒一样,混合多种噬菌体),就是其中一大研究方向。不过鸡尾酒疗法的开发投入大,筛选难度大,周期长,市场上也难以广泛推广。

而百葵锐生物,采取了不一样的研发思路。简单来说就是:基于合成生物学的蛋白自组装。

李博士介绍中,他们可以将不同种类的噬菌体裂解酶(杀菌功能的酶),通过蛋白自组装的技术,精准可控地以特定的形式结合到类噬菌体颗粒蛋白上。

这种类噬菌体颗粒蛋白,可以整合多种杀菌机理,既具有噬菌体的特异性优势,又能应对多种不同的致病菌,实现 “一个蛋白颗粒杀灭多种致病菌且保护有益菌” 的效果。

目前,这个产品的研究也完成了实验室开发阶段的工作,已经有样品提供给客户进行评价测试,预计未来半年将会进行中试的放大生产。

而百葵锐类噬菌体颗粒蛋白的第一个产品,主要将是应对皮肤创伤感染、皮肤病等,同时将兼有护肤的效果,可应用于宠物及人的皮肤病防治及护理。

CRO 及未来计划

除了自身核心产品研发以外,百葵锐生物还与多家大型企业展开项目合作,提供 CRO 技术服务。

在这里,李博士介绍说:“之前,公司与国内一家大型生物化工企业开展项目合作,对其所用的生产菌株重新进行设计与改造,实现了产物浓度及极端环境菌种耐受性大幅提升。”

最终,在不改变原生产工艺和设备的前提下,这项工艺的产能由原来的 4 万吨 / 年增产到 8 万吨 / 年。目前,该项目已经完成 20 吨级装置工业化生产。

此外,李博士透露道:目前,公司通过 CRO 已经实现了营收,财务良好,自主产品管线的研发步伐也比较快。

图丨 CRO 技术服务(来源:superlab)

最后,在介绍未来规划中,李博士说道:公司目前资源整合集中在天津,不过在我们的规划上,未来会向粤港澳大湾区发展,这也是公司的布局重点。

向南发展,除了符合国家大战略以外,另一个吸引百葵锐南向的原因,就是深圳先进院在建的合成生物研究重大科技基础设施了。

图丨合成生物研究重大科技基础设施(来源:深圳商报

对此,李博士说道:“对于合成生物大设施,我们是非常看重的。这个基础设施未来将会非常有用,特别是在自动化高通量筛选上。未来,我们希望能够借助基础大设施来加快产品设计和开发,缩短一个产品从规划到研发再到上市的周期。”

百葵锐生物目前正计划进行 Pre-A 轮的融资,融资金额为 2000 万人民币。据悉,这笔资金将会用于生产基地建设、产品研发和人才引进。

“我们也期待和领域内同行进行更好的合作,一同做大合成生物学的蛋糕。”

-End-


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