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生成皮层ROI mask的目的是为了将统计分析限制在ROI mask的范围内。只能通过代码实现。
假设根据DK40的分区模板生成中央前回的mask: (1) 读取annot文件
P = '/home/Alex/matlab/spm12/toolbox/cat12/atlases_surfaces_32k/lh.aparc_DK40.freesurfer.annot'
[vertices, label, colortable] = cat_io_FreeSurfer('read_annotation',P);
(2) 生成ROI标签
ROI=25;
colortable.struct_names(ROI)
ind=find(label==colortable.table(ROI,5));
nind=find(label~=colortable.table(ROI,5));
label(nind)=0;
label(ind)=1;
(3) 将ROI保存为gii格式
P2 = '/home/Alex/matlab/spm12/toolbox/cat12/templates_surfaces_32k/lh.central.freesurfer.gii'
g1 = gifti(P2);
g1.cdata = label;
save(g1,'/home/Alex/Data/ROI/lh.mask.precentral.gii');
(4) 同理可生成右半球的中央前回mask，将左右mask合并成一个mask
g.faces = [g1.faces; g2.faces+size(g1.vertices,1)];
g.vertices = [g1.vertices; g2.vertices];
g.mat = g1.mat;
g.cdata = [g1.cdata; g2.cdata];
save(gifti(g), '/home/Alex/Data/ROI/mask.precentral.gii', 'Base64Binary');
(5) 在统计分析时将ROI mask作为explicit mask即可。
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