【原】核酸、核苷酸及蛋白质质量与摩尔数的转换

1.       核苷酸分子量

1个脱氧核糖核酸碱基的平均分子量为333 Daltons

1个核糖核酸碱基的平均分子量为340 Daltons

2.       DNA碱基对分子量

一个DNA碱基对（钠盐）的平均分子量 = 650 道尔顿

双链DNA分子的分子量(道尔顿) = 碱基对数目×650

3.       光吸收值与浓度

1 OD260 dsDNA =50 μg/ml = 0.15 mmol/L

1 OD260 ssDNA =33 μg/ml = 0.10 mmol/L

1 OD260 ssRNA =40 μg/ml = 0.12 mmol/L

4.       浓度与光吸收值

1 mmol/L dsDNA= 6.7 OD260

1 mmol/L ssDNA= 10.0 OD260

1 mmol/L ssRNA= 8.3 OD260

5.       质量与摩尔数

• 对于dsDNA分子

每对碱基的平均分子量(MW)是660 pg/pmol

μg×(10⁶pg/1μg)×(pmol/660pg)×(1/N)=pmol    N 是核酸碱基对数

1 μg 1,000bpDNA = 1.52 pmol

1 μg pUC18/19DNA (2,688bp) = 0.57 pmol

1 μg pBR322 DNA(4,361bp) = 0.36 pmol

1 μg SV40 DNA(5,243bp) = 0.29 pmol

1 μg FX174 DNA(5,386bp) = 0.28 pmol

1 μg M13mp18/19DNA (7.250bp) = 0.21 pmol

1 μg l phageDNA (48,502bp) = 0.03 pmol

• 对于ssDNA分子

每个碱基的平均分子量(MW)是330 pg/pmol

μg×(10⁶pg/1μg)×(pmol/330pg)×(1/N)=pmol

6.       摩尔数与质量

• 对于dsDNA分子

每对碱基的平均分子量(MW)是660 pg/pmol

pmol×N×(660pg/pmol)×(1μg/10⁶pg)=μg

1 pmol 1,000bpDNA = 0.66 μg

1 pmol pUC18/19DNA (2,688bp) = 1.77 μg

1 pmol pBR322DNA (4,361bp) = 2.88 μg

1 pmol SV40 DNA(5,243bp) = 3.46 μg

1 pmol FX174DNA (5,386bp) = 3.54 μg

1 pmol M13mp18/19 DNA (7.250bp) = 4.78 μg

1 pmol l phageDNA (48,502bp) = 32.01 μg

• 对于ssDNA分子

每个碱基的平均分子量(MW)是330 pg/pmol

pmol×N×(330pg/pmol×(1μg/10⁶pg)=μg

7.       浓度

C (mmol/L orpmol/ml) = OD260/(0.01*N

C (ng/ml) =OD260*MW/(0.01*N)

MW — molecularweight；

N —number ofbases；

OD260 —absorbance at 260 nm

8.       质量浓度与摩尔浓度

1ng/μl Nbp DNA

9.       核酸末端浓度

双链DNA分子的末端摩尔数 = 2 ×DNA质量（克）/ DNA分子量（道尔顿）

限制性内切酶酶切后的DNA末端摩尔数:

• 环状DNA分子：2×DNA摩尔数×位点数

pmol ends = pmol DNA *number of cuts * 2

• 线性DNA分子：2×DNA摩尔数×位点数+2 ×DNA摩尔数

pmol ends = pmol DNA * (number of cuts *2 + 2)

1 μg 1,000bp DNA = 3.04 pmol ends

1 μg pUC18/19 DNA (2,688bp) = 1.14 pmol ends

1 μg pBR322 DNA (4,361bp) = 0.7 pmol ends

1 μg SV40 DNA (5,243bp) = 0.58 pmol ends

1 μg FX174 DNA (5,386bp) = 0.56 pmol ends

1 μg M13mp18/19 DNA (7.250bp) = 0.42 pmol ends

1 μg l phage DNA (48,502bp) = 0.06 pmol ends

10.     双链DNA与寡核苷酸的熔

短于25bp的双链寡核苷酸：

Tm = 2 (A + T) + 4 (G + C)

长于25bp的双链寡核苷酸：

Tm=81.5+16.6(lg[J+])+0.41(%GC)–(600/N)–0.63(%Formamide)

N —— 引物的长度(以碱基数计算)

J+ —— 单价阳离子浓度

11.     DNA与表达蛋白之间分子量换算

9 amino acid≈ 1k Da Protein

1 kb DNA = 333 amino acid ≈ 37k DaProtein

10,000 Da Protein ≈ 270 bp DNA

30,000 Da Protein ≈ 810 bp DNA

50,000 Da Protein ≈ 2701 bp DNA

100,000 Da Protein ≈ 27 kb DNA

12.     蛋白质质量与摩尔数的转换

100pmol的100kDa蛋白分子=10μg

100pmol的50kDa蛋白分子=5μg

100pmol的10kDa蛋白分子=1μg

100pmol的1kDa蛋白分子=100ng

13.     DNA电泳基本参数

•  琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶中DNA迁移率

线性DNA分离建议凝胶浓度
分离范围(bp)	琼脂糖浓度	分离范围(bp)	PAGE浓度
1,000~30,000	0.5%	100~1,000	3.5%
800~12,000	0.7%	80~500	5.0%
500~10,000	1.0%	60~400	8.0%
400~7,000	1.2%	40~200	12.0%
200~4,000	1.5%	5~100	20.0%
50~2,000	2.0%

• 变性、非变性PAGE胶中染料迁移率

PAGE浓度	相当核苷酸片段大小，bp
	溴酚蓝	二甲苯青
3.5%	100	460
5.0%	65	260
8.0%	45	160
12.0%	20	70
15.0%	15	60
20.0%	12	45