【原】hpv病毒基因研究调研

2015年有一篇文献中提到了hpv的研究现状

As of May 30, 2015, 201 different HPV types had been completely sequenced and officially recognized and divided into five PV-genera: Alpha-, Beta-, Gamma-, Mu-, and Nupapillomavirus.

文献地址： http://www.ncbi.nlm./pubmed/26086163

根据文献，我找到了hpv所有已知测序种类的参考基因组网站：http://www./html/refclones.html

截至到2015年7月已经有了205种，我爬取它们的genebank ID号，然后用python程序批量下载了它们的序列，能下载的序列共179条，都是8K左右的碱基序列。

根据genebank ID或者其它ID号批量下载核酸序列的脚本如下：

1. import sys

2. import time

3. import random

4. from Bio import Entrez

5. ids=[]

6. infile=sys.argv[1]

7. for line in open(infile,'r'):

8. line=line.strip()

9. ids.append(line)

10. for i in range(1,len(ids)):

11. #  t = random.randrange(0,5)

12. handle =

13. Entrez.efetch(db="nucleotide", id=ids[i],rettype="fasta",email="[e-mail]")

14. #  time.sleep(t)

15. print handle.read()

脚本的使用很简单，保持输入文件是一行一个ID号即可。同时，根据文献我们也能得到hbv病毒提取方法当然，我当年居然写过python？？？

同样，拿到下载的178条序列我们可以做一个进化树，在那篇文章中已经做好了，我就不做了。

下载179条hpv序列，每条序列都是8KB左右。我还用了R脚本批量下载

1. library(ape)

2. a=read.table("hpv_all.ID") #输入文件是一行一个ID号即可

3. for (i in 1:nrow(a)){

4. tmp=read.GenBank(a[i,1],seq.names = a[1,1],as.character = T)

5. write.dna(tmp,"tmp.fa",format="fasta", append=T,colsep = "")

6. }

然后用muscle做比对，比对过程相对比较简单，大家感兴趣可以参照我之前的几篇笔记。

• Muscle进行多序列比对

  http://www./?p=659

• Figtree的把进化树文件可视化

  http://www./?p=660

• 用phyML对多重比对phy文件来构建进化树

  http://www./?p=626

1. muscle -in mouse_J.pro -out mouse_J.pro.a

2. muscle -maketree -in mouse_J.pro.a -out mouse_J.phy

貌似时间有点长呀，最后还莫名其妙的挂掉了，可能是我的这个测试服务器配置有点低。

(非常经典的 segmentation fault )

进化树如下所示：

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