【原】祝每一个知识分享者生日快乐

今年的这个生日非常有意义，一整天都在“传道授业解惑”，下面秀一下老婆给我买的蛋糕。

同时在这里祝所有知识分享者生日快乐，今天应该会有很多人过生，不限于生物信息学。

下面是我今天做分享的课件目录，希望对大家有帮助。

生信一天入门培训

• 入门资料推荐

• 首先应该学什么呢？

• 哪些是重点，必学？

• 学到哪里为止呢？

• 分清楚可以自学的和需要讲解的

• 具体该如何应用实际呢？

一、linux&&shell

• 系统管理(free,df,du,top,time,adduser,ps,kill,w)

• 去可视化(ls,cd,mkdir,cat,head,more,cp,mv,ln,awk,sed,grep,cut,wc)

• 批处理，shell 13 问

• 环境变量

• 不需要学习的(crontab,qsub,condor)

二、生物信息学的数据

• 中心法则(DNA-RNA-protein)

• WGS/WES/RNA-seq/ChIP-seq

• IGV可视化(bam，基因结构)

• 芯片+测序

三、软件安装及管理

• 二进制(bowtie2,hisat2,)

• C源码(bwa,samtools)

• java/python/perl/R ~~~

• conda（bwa,samtools,bcftools）

四、流程介绍

• 上游: fastq —> sam — > bam —> vcf

• 下游: 统计染色体分布，转换颠换比例等等

一天的时间比较有限，还有很多是需要亲自讲解的， 比如常见的数据库资源的下载，一些经典文献的解读，还有编程的入门。