GEOmirror R包是从中国大陆的云中下载GEO数据库表达矩阵和表型数据的R包,因此对于中国大陆的用户来说会有点快。到目前为止,我们的中国只有腾讯云镜像。它只是GEOquery包中getGEO函数的替代方法。
首先我们在网上下载得到这个R包压缩包,比如下载这个https:///jmzeng/GEOmirror/repository/archive/master.zip 压缩包,详见:https:///jmzeng/GEOmirror,压缩包文件解压后,然后进入proj文件打开rstudio后,点击build。 这是一个压缩文件,需要解压(关键步骤),否则将会找不到文件。 下面介绍如何安装这个R包:解压后我们会看到以下几个文件: 点击GEOmirror.Rproj 文件 点击bulid --- > more --- > Configure Build Tools --- > Configure --- > 全部勾选 --- > 点击ok 让我们加载R包 library(GEOmirror) 但我测试了一下:并不是想象中那么一帆风顺 geoChina('GSE1009') 发现打不开URL 我尝试复制链接地址到浏览器发现是可以下载的 所以还是我的Rstudio配置出现问题 解决方案: options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna./bioconductor/") 完美解决: 总结:
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