课前热身 推荐up主 ： 徐洲更 、思考问题的熊
系统查阅所有的Linux命令及详细参数的网站：
http://man./ (中文，很奈斯)
课前准备工作： 安装软件
心理建设： 不用担心学不会，重点是坚持
会不会把服务器搞坏？重点看下图
为什么要学习Linux？ 此外，出错不用担心，更重要的是我们解决问题的能力；学习过程中多练习多探究，贵在坚持。
Linux系统简介 登陆服务器
ssh 命令行法
退出服务器 exit
修改命令行配色
复制粘贴下面两行代码：
echo 'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc修改字体、修改复制粘贴快捷方式
文件结构：在Linux中，一切皆文件
**文件传输：**Windows，Filezilla（xftp，winscp）
Mac，Filezilla
**命令格式：**命令 + 选项 + 文件
command [-options [parameter]] [FILE]
· command：命令名，相应功能的单词或缩写
· [ ] 代表有时候可以省略
· -options：选项，用来对命令进行控制，也可以省略 两种格式：-h，--help
· parameter：传给命令的参数，可以是零个、一个或者多个
· FILE：要处理的文件
文件夹与文件管理命令 pwd ## Print Working Directory 打印工作目录
ls ## List 列出
cd ## Change Directory 切换目录
mkdir ## Make Directory建立一个新的目录
touch ## 创建文件
mv ## MoVe 移动和重命名
rm ## ReMove 删除
cp ## Copy and Paste 拷贝粘贴
tar ## Tape archive 压缩或者解压文件
ln ## LiNk 链接文件
工作目录 pwd 命令 pwd ## print working directory 打印工作目录 # 当前目录 # 上一级目录 # 家目录 # 根目录或者目录分隔符 常用Linux快捷键 cd 命令 切换工作目录
常见用法：cd [路径/目录]
cd .. ## 切换到上层目录，相对路径 cd ../.. ## 切换到上上层目录，相对路径 cd / ## 切换到根目录 cd /teach/ ## 切换到根目录下的teach，绝对路径 cd - ## 返回上一次的工作目录 cd ~ ## 回到用户家目录 cd ## 同上，回到用户家目录 ls 命令 常见参数：
-a ## 列出全部的文件，连同隐藏文件 all ## 列出目录的详细信息 ## 将目录容量转换为人类易读的方式（例如BG,KB等等） human ## 以文件大小排序 Size ## 以时间排序 time ## 以递归目录列出文件 Recursion ## 显示目录本身，而非文件下的文件 常见用法：ls [参数] [路径/目录/文件名]
ls ## 列出当前目录的文件 ## 同上，'.’号代表当前目录 ## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件 ## 列出上层目录的文件 ## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件 ## 列出当前目录下文件的详细信息 ## ls -la 的简写，自定义的别名 ## 加上 -h 参数，以 K、M、G 的形式显示文件大小 ## 列出根目录下文件的详细信息 正则表达式
* 匹配任意多个字符（0到正无穷）
？匹配最多一次（0次或一次）
文件属性
创建 mkdir 常见参数：-p/--parents，递归创建目录
常见用法：mkdir [-p] 目录名
# 创建目录 test {1..3}/test {1..3}tree tree：以树的结构展示文件目录结构
常见参数：
-L # level #Descend only level directories deep. touch 新建文件
常见用法：touch file
touch file.txt new.txt命名文件/文件夹规则
操作文件 mv mv：移动或者重命名，Rename SOURCE to DEST, or move SOURCE(s) to DIRECTORY.
常见用法：mv 待移动的文件 移动到哪个目录
mv file1 Data/file2 cp cp：Copy and Paste
常见参数：-r, copy directories recursively
常见用法：cp [OPTION] SOURCE DIRECTORY
rm rm ：Remove
常见参数 ：
- f ## force不显示警告讯息 ## 在删除会先询问用户 ## 递归删除文件夹 常见用法：rm [-option] file
删库跑路 ：rm –rf /
初学者使用rm要小心，加上-i参数交互性删除
链接 ln ln：Link 链接，分软链接 （常用）和硬链接 （默认）.
常见参数：不加参数即为硬链接，加上 –s参数即为软链接，
软链接的作用类似快捷方式 ，节约空间
常见用法：ln –s TARGET DIRECTORY
压缩 tar tar：Tape archive 压缩或者解压文件.
常见参数：
-c ## 创建一个新的tar归档文件（创建压缩文件） ## 从已有tar归档文件中提取文件（解压缩） ## 输出结果到文件或设备 ## 在处理文件时显示文件（显示处理进度） ## 将输出重定向给bzip2命令 ## 将输出重定向给gzip命令 常见用法：
解压：tar [参数] [待解压包]
压缩：tar [参数] <压缩后文件名> [待压缩文件/目录]
其他压缩和解压命令：
zip 和 unzip：用于压缩和解压 *zip 文件
gzip 和 gunzip：用于压缩和解压 *gz 文件
bzip2 和 bunzip2：用于压缩和解压 *bz2 文件
文本查看、操作、统计命令 · head/tail，cat/tac，less/more
· wc，sort，uniq
· cut，paste
cat cat：Concatenate 查看文本文件的内容，输出到屏幕
常见参数：
-A ## 列出所有内容，包括特殊字符，如制表符 ## 打印出所有行号，-b 参数仅打印非空白行行号 常见用法：
cat readme.txt## 写入文件 ## >重定向 ## 这里是按Crtl C ## 查看 其他：zcat：可以查看压缩的文本文件 tac：逆向查看
head/tail head / tail：查看文件的前/后 n 行，默认 10 行
常见参数：-n
head常结合管道符用于控制输出行数|
more more：逐页查看，按空格翻页，按回车换行，q退出
less less [参数] 文件名
常用参数：
-N：显示行号zless：查看压缩文件
· 上下左右键查看文本内容
· Enter键向下移动一行
· 空格键翻页
· q键退出
wc wc：统计文本
常见参数：
-l # 统计行数 # 统计字符串数 # 统计字节数 cut cut：文本切割
常见参数：
-d # 指定分隔符，默认\t； # 输出哪几列（字段fields） sort sort：排序
常见参数：
-n # 按照数值从小到大进行排序 # 字符串中含有数值时，按照数值从小到大排序 # 逆向排序 # 指定区域 # 指定分隔符 uniq uniq：去除重复行 ** 只去除相邻的重复行*
常见参数：
-c # 统计每个字符串连续出现的行数 paste paste：文本合并
常见参数：
-d # 指定分隔符 # 按行合并 常见用法：
paste file1 file2 paste - -tr tr：字符替换
常见参数：
-d # 删除指定字符 # 缩减连续重复字符 小结 命令 功能 cat 查看文本，输出到屏幕 head 显示文档的开头至标准输出中，默认显示十行 tail 显示文档的末尾至标准输出中，默认显示十行 more 逐页查看文档内容 less 逐页查看文档内容，more的升级版 wc 统计文本的行数等 cut 文本切割 sort 排序 uniq 去重复 paste 文本合并 tr 字符替换
生物信息学常见数据格式 FASTA格式 fasta是一种基于文本用于表示核酸序列和多肽序列的格式。其中核酸或氨基酸均以单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释
特征：2行，id行和序列行
id行以“>”开头，有时会包含注释信息
序列行一个字母表示一个碱基/氨基酸
>gi|31563518|ref|NP_852610.1| microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A isoform b [Homo sapiens]FASTQ格式 fastq是一种存储了生物序列及相应的质量评价的文本格式。测序的原始数据
@SRR001339.3 FC12160_04JAN08_s_3.tar:3:1:230:474 length=36$I ′I9IDI%II … 5′E%%(H在fastq文件中，一个序列通常由四行组成：
第一行id行，以@开头，之后为序列的标识符以及描述信息（与FASTA格式的描述行类似） 第三行附加信息行，以+开头，之后可以再次加上序列的标识及描述信息（可选） 第四行碱基质量行，根据ASCII表，用一个字符来表示对应碱基的测序质量 GFF/GTF格式 gff格式记录序列中转录起始位点、基因、外显子、内含子等组成元件在染色体中的位置信息
image-20210219184105857 更多数据格式：[生信资料 3] 生物信息学常见数据格式，汇总！
文本处理三驾马车 grep grep：一种强大的文本搜索工具，它能使用正则表达式匹配模式搜索文本，并把匹配的行打印出来
格式：grep [options] pattern file
常见参数：
-w：word 精确查找某个关键词 pattern正则表达式 正则表达式：是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用事先定义好的一些特定字符、及这些特定字符的组合，组成一个“规则字符串”，这个“规则字符串”用来表达对字符串的一种过滤逻辑。
^ 行首常见用法
cat readme.txt | grep '^T' ')$' 'f.ee' 'f\?ee' 're\+' sed sed：流编辑器，一般用来对文本进行增删改查
用法：sed [-options] 'script' file(s)
常见参数：
-n ：禁止显示所有输入内容，只显示经过sed处理的行(常用)image-20210219220747572
# 大写转小写 echo "ABCDS" | sed 's/[A-Z]/\l&/g' # 小写转大写 echo "abcds" | sed 's/[a-z]/\u&/g' 2.如何替换每一行的前4个字符？
sed 's/ ^.... / /’3.如何对奇数行进行操作？
sed '1~2 s///’
4.删除空白行
sed '/^$/d’
awk awk命令 https://man./awk
conda的安装与使用 conda的安装与使用
anaconda官网：https://www./
miniconda则是精简版，需要啥装啥，推荐使用miniconda。
miniconda官网：https:///miniconda.html
下载miniconda # 官网地址： # 国内镜像地址： # -c 断点续传 # mac用户请用： 安装conda的流程 1.运行 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2.查看软件license
3.同意license
4.选择安装位置
5.同意conda初始化
6.设置是否要显示base环境提示（可选）
7.重新加载~/.bashrc文件或者重新开shell窗口
配置conda频道 方法一：
官方频道：
conda config --add channels bioconda清华镜像频道：
conda config --add channels https://mirrors.tuna./anaconda/pkgs/free/set show_channel_urls yes北外镜像频道：
conda config --add channels https://mirrors./anaconda/pkgs/free/set show_channel_urls yes注
不要重复添加频道，冗余的频道会让安装软件的过程变慢
添加镜像要看服务器所在的位置，不是使用者所在的位置
方法二：
直接编辑 ~/.condarc文件
查看已添加的频道
conda config --get channels创建独立的环境 建议：1. base环境里最好不要装任何包
2. 除非你知道这个包会对你原生环境造成什么影响
# 创建名为rnaseq的conda小环境 # -n 指定环境名称 # 每次运行前，激活创建的小环境rna，成功激活进入小环境，即可安装软件 # 激活 # 退出小环境 # 列出已存在的小环境 # 或 删除&重命名小环境 # 删除一创建的小环境及安装包 # 重命名 clone python2安装软件 哪些软件可以用conda安装？
网站查询
https:///search
https://bioconda./
# 查看当前环境所安装的软件 # 查看符合正则表达式的软件 # 查看指定环境的软件 # 删除软件 # 升级软件 conda常用命令
环境管理 软件管理 conda env list conda search fastqc conda creat -n rnaseq conda install fastqc conda activate rnaseq conda remove fastqc conda deactivate conda update fastqc conda list
mamba的使用 image-20210220133742124 安装mamba
在base环境下安装mamba *安装在base环境中的包在小环境中依然可以调用
conda activate base除启动环境外，所有conda命令都可以用mamba来代替
Mamba中还提供了mamba repoquery depends和mamba repoquery whoneeds，分别用于查看指定库依赖哪些库，以及指定库被哪些库依赖
版本控制和迁移 conda listexport > conda_rnaseq_list.txt # 导出 # 软件名=版本号=build # 安装导出的信息 conda env export -n rnaseq > rnaseq.yml # 导出 # 创建 # 更新 yml文件信息更全面
本地安装
先把安装包下载到本地，然后移动到miniconda3的pkgs文件夹下
alias简化启动
cp ~/.bashrc ~/.bashrc_bak # 备份 echo "alias rna='conda activate rnaseq'" >> ~/.bashrcecho "alias deact='conda deactivate'" >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc删除没有使用的包
conda clean -i # 更换镜像时先运行这一条 # 删除从不使用的包 # 删除tar包 # 删除索引缓存、锁定文件、未使用过的包和tar包。 -a, --all Remove index cache, lock files, unused cache packages,for packages installed
