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我在我在04-转录组笔记推文任务列表（半年期）里面安排了6个经典综述和10篇转录组应用文献给大家，可惜愿意沉下心了认真苦学的并不多。（https://share./doc/14uneHKvPg） 所以安排转录组讲师给大家做一下领读：
文章信息标题：Targeting YAP1/LINC00152/FSCN1 Signaling Axis Prevents the Progression of Colorectal Cancer 标题：靶向YAP1/LINC00152/FSCN1信号轴可防止结直肠癌的进展 作者：Jian Ma，中南大学 杂志：Adv Sci (Weinh)（IF15.84），Published online: December 5, 2019 文章数据https://www.ncbi.nlm./geo/query/acc.cgi?acc=GSE132519 RNA测序：四个直肠癌HCT116细胞系，测序平台HiSeq X Ten
GSM3872544 Human colon cancer cell line HCT116 was transfected with a control non-targeting siRNA, biological rep 1主要的分析是：
主要结果1.yap1相关的LINC00152在人类CRC组织中高表达首先使用siRNA处理的YAP1沉默表达细胞系和对照组细胞系的lncRNA表达谱（GSE92335），以此找到YAP1相关的lncRNA。随后在GEO数据库中验证（GSE41328 and GSE9348）。 转录组的标准分析，比较容易复现，基本上看我六年前的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文即可；
找到了一个lncRNA LINC00152，具体表现为：
以上结果的图：    2.YAP1转录调控CRC细胞中LIC00152的表达此部分是为了确定YAP1与LIC00152之前的调控关系，结果如下：
以上所有结果的结论就是YAP1可以在TEAD1的协助下调控LINC00152。 3 LINC00152是CRC细胞中的致癌lncRNA（文章数据主要应用的地方）为了检测LINC00152是否与CRC进展相关，进行了4个细胞系的RNA-Seq测序（两个对照，两个靶向LINC00152的siRNA细胞系）。 LINC00152高表达的细胞系与低表达的相比，得到的差异表达基因数集的富集分析以及两个表型之间的GSEA分析表明LINC00152在CRC肿瘤发生和转移中起重要作用。  4.LINC00152通过与miR-185-3p和miR-632海绵作用于FSCN1 5.LINC00152-miR-185-3p/632-FSCN1轴促进CRC的肿瘤发生6.LINC00152和FSCN1与CRC临床病理因素相关个人总结文章中主要使用RNA-Seq的地方就是对四个细胞系进行了测序（两个对照样本，两个沉默表达LINC00152的样本），为了研究LINC00152的表达变化引起了哪些mRNA的改变以及相应的功能。 LINC00152的抑制表达影响的通路有colorectal cancer signaling pathway, adherent junction, and apoptosis等。 GSEA结果：cell cycle, metastasis, cytoskeleton, and vascular endothelial growth factor A signaling。 文章中出现的一些markersmesenchymal markers：Vimentin and β-catenin G1-S transition-promoting markers：Cyclin D1 and CDK4 epithelial marker：E-cadherin cell cycle G1-S transformation-inhibiting marker ：p27 番外文章中提到的siRNA和shRNA的区别和作用：http://www./method/siRNAs-and-shRNAs-Tools-for-Protein-Knockdown-by-Gene-Silencing.html
一图查看区别和作用  文末友情推荐 |
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