我在我在04-转录组笔记推文任务列表(半年期)里面安排了6个经典综述和10篇转录组应用文献给大家,可惜愿意沉下心了认真苦学的并不多。(https://share./doc/14uneHKvPg) 所以安排转录组讲师给大家做一下领读: 文章信息标题:Genomic and Transcriptomic Characterization of Sporadic Medullary Thyroid Carcinoma 标题:散发性甲状腺髓样癌的基因组和转录特征 杂志:Thyroid(IF 5.227). 2020 Jul 作者:Qing-Hai Ji1,2(通讯)1 复旦大学上海肿瘤中心头颈外科;2 复旦大学上海医学院肿瘤学系;3 复旦大学上海肿瘤中心,复旦大学生物医学研究所医学表观遗传学与代谢重点实验室 背景知识散发的甲状腺髓样癌,英文为:Sporadic medullary thyroid carcinoma,缩写MTC,是一种相对罕见的神经内分泌恶性肿瘤,由产生降钙素的旁淋巴细胞(c细胞)引起。MTC在所有甲状腺恶性肿瘤中占3-5%,但在甲状腺癌相关死亡中占近13%。**与分化良好的甲状腺癌比较,MTC在生物学上具有更强的侵袭性,可以增加广泛淋巴结转移和局部晚期侵袭的可能性。**此外,MTC对放射性碘或促甲状腺激素抑制没有反应,对放射治疗和常规细胞毒性化疗也不敏感,导致在晚期疾病的治疗有限。 摘要背景:散发性甲状腺髓样癌(MTC)是一种相对少见的神经内分泌恶性肿瘤,其散发性甲状腺髓样癌(sMTC)的分子肿瘤发生机制尚不完全清楚。在这项研究中,我们进行了一项聚焦于sMTC基因组和转录组特征的研究。 方法:纳入29例sMTC患者。对18名患者进行了全外显子组测序(WES),包括肿瘤样本和匹配的非癌组织。29例肿瘤均进行了全转录组测序(RNA-Seq)。分析WES、RNA-Seq和拷贝数改变(CNA)数据。采用细胞计数Kit-8 (CCK-8)检测细胞增殖。 结果:
结论:
数据和方法1 病人样本和临床病理资料29个病人,其中有18个病人有配对正常组织。是新鲜冷冻组织。见补充材料Table S1 2 Whole-exome sequencing对18个病人的配对组织36例样本进行全外显子测序;150-bp paired-end reads;Illumina测序平台。 3 Alignment and variant calling
4 体细胞和生殖细胞突变识别体细胞突变:评估每个变异的效应:SIFT ,Polyphen2 ,MutationTaster ,参数设置为软件默认 生殖细胞突变:InterVar database 5 CNV识别6 通路相关的癌症基因突变7 细胞培养和试剂8 小干扰RNA转染和细胞计数Kit-8实验9 RNA-Seq
10 聚类
结果1 由WES识别的突变
每个病人平均只有2.7个突变,比较低。 RET基因是唯一一个在两个以上的样本中出现突变的基因,突变情况如下图:p.C634R (n = 2), p.M918T (n = 1), p.A883F (n = 1), and p.C630G (n = 1)
突变详细情况: 此外,这三个基因的突变都由桑格测序得到了验证。 2 CNA 分析
结合WES和CNA结果,我们发现体细胞突变时间高度集中在the RTK/RAS pathway通路(包括RET, ERBB3, and the RasGAP gene family)和the Hippo pathway(包括including FAT1, FAT4, LATS2, and others)。 总体而言,50.0% (n = 9)的MTC样本在RTK/RAS信号轴上显示了体细胞SNVs或CNVs,而44.4% (n = 8)的样本显示Hippo通路基因的改变。 3 CCK-8 assay采用TT细胞系和MZ-CRC-1细胞系,采用CCK-8法研究敲除FAT1和FAT4对MTC细胞增殖的影响。如上所述,与之前的研究(32)相似,虽然细胞被短暂转染,但由于两种细胞系的倍增时间延长,OD450值连续测量了5天。CCK-8结果显示,在TT和ms - crc -1细胞中,敲除FAT1和FAT4均能显著促进细胞增殖。 4 使用RNA-Seq数据进行分子分型
转录组的标准分析,比较容易复现,基本上看我六年前的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文即可;
非监督聚类将29个样本分成亚类,最佳聚类数为2。下图为热图展示的分成两类的结果。 然后,对这两个cluster做GSEA的cancer hallmark signatures基因集合分析。我们发现,上皮-间充质转化(EMT)基因集在Cluster 1中富集,而MYC靶标V1在Cluster 2中富集程度较高。cluster1和Cluster 2分别被称为间充质样亚型和增殖样亚型,分别以EMT和增殖活性增强为特征。 我们进一步评估了这两种分子亚型的临床相关性。 此外,我们还发现:cluster1的15个病人中,只有一个病人在随访期间出现了structural recurrence,大多数 structural recurrence events (4/5, 80%) 出现在14 cluster2病人组中。 总结问题1:转录组(GRCh38)和基因组(GRCh37)的数据分析没有使用同一个参考基因组没有问题么?后面通过gene symbol将两个层面的数据联系起来?我没有比较过两个版本的基因组数据的差别,欢迎讨论。 文章的创新点:散发的甲状腺髓样癌算是一个稀有癌种,基础研究相对少。整个文章思路还是很清楚的,就是两个测序,做了一些基本的分子层面的特征刻画。但是文章的样本数相对来说有点少了,看突变频率有点失真。 文末友情推荐 |
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