【原】bget安装及使用

咱们生信技能树马拉松课程七月份学习班正在火热进行中，马上Linux授课环节即将完美交棒给转录组讲师。其实一个重要的衔接环节就是各式各样的生物信息学软件安装，需要对环境变量以及文件夹目录相对路径绝对路径知识点有比较好的理解。

下面七月份学员的投稿

来自生信技能树生信入门课程

学员Ray

1. bget简介

bget：一个优雅地下载OA文献和附件的命令行工具

只能下载开源的open access文献哦=w=

2. bget安装

2.1 创建文件夹

首先在家目录下创建常用软件存放的文件夹biosyft
方便软件管理

$ cd
$ mkdir biosyft
$ ls

2.2 下载bget

使用wget下载bget
网络可能比较慢 懂得都懂= =

$ wget -c https://github.com/clindet/bget/releases/download/v0.3.2/bget_0.3.2_Linux_64-bit.tar.gz

看到文件以后表示下载成功

2.3 将其移动至文件夹

先进行解压缩

$ tar -zxvf bget_0.3.2_Linux_64-bit.tar.gz
$ ls

而后将bget移动至biosyft文件夹内
方便管理

$ mv bget ~/biosyft/

确认存在文件夹内

2.4 添加到PATH

为了方便使用bget，我们需要添加到PATH

但单纯的添加到PATH是临时的，重启后消失

还需要进一步写入~/.bashrc配置文件

$ echo 'export PATH="/trainee/July13/biosyft/:$PATH"' >> ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc

注意这里使用的路径是bget所在文件夹的绝对位置

即到biosyft文件夹 而不是bget路径

使用bget --help判断是否成功

3. 使用

回家目录创建存放文献的文件夹papers

$ cd
$ mkdir papers
$ ls

在papers文件夹中使用bget下载文献

$ cd ./papers/
$ bget doi 10.1038/s41467-017-00050-4 --suppl

文献下载完毕🎉

包括其pdf原文与补充文件

可倒出查看