表面上看来，云南是一个适宜发展水路运输的省份。云南的水资源总量居全国第四，地表水资源达到2200多亿立方米，仅次于西藏、四川和广西。
云南的大河众多，金沙江、澜沧江、怒江、南盘江、元江等大河要么流经云南，要么发源于云南。其境内的众多河流，分属于六大水系，其中四大水系南流出境，金沙江和南盘江等河流则属于长江和珠江水系。
从水资源量和大河数量上来看，似乎云南都比较适合发展水路运输。但实际情况却恰恰相反，云南发展水运的条件相当差。只所以如此，与云南的地理状况有关。
云南位于云贵高原西部，有一半的土地属于广义的横断山区。高原上山脉纵横，地形崎岖不平。而且云南的岩石构造以石灰岩为主，极易遭受雨水和河水的侵蚀。因此云南的河谷大多极度深陷，形态呈现深“V”字形。河水流速湍急，河床多险礁暗滩，航运条件极差。
另外，由于云南处于河流上游，其水路交通的发展，很大程度上要受下游地区制约。尤其是云南六大水系中，有四大水系都是向南流入东南亚中南半岛国家。作为国际河流，制约因素除了河流本身条件外，还要受国际政治，下游国家的内部政治和经济发展状态影响。
中南半岛国家大多经济落后，而且部分国家内部政治不稳定，因此大多没有意愿，也没有能力来进行航道建设，发展水路运输。因此直到目前为止，除了最大的河流湄公河可以通行小船到云南外，其他河流都无法通航到云南。
因此对于云南来说，真正能够指望的，还是长江和珠江水系。不过很长时期以来，由于河道条件差，加之相邻的贵州、广西经济较落后，无力进行航道建设，珠江水系云南段实际并无法对外联通。因此很长一段时间，位于金沙江下游的水富港，得益于河道条件较好，成为云南唯一能够对外联通的水运港口。
近年来，随着邻近省份经济发展，其对水运航道的投资，也惠及云南的水路运输。云南的水路运输，也借此走上了快车道。2019年，云南水路运输客运量达到1000万人次，货运量达到约700万吨。这个成绩跟水运大省无法相比，但对于云南本身来说，却是一个巨大进步。
其中水富港的航运条件大幅改善，得益于四川对长江航道的投资，水富港航道从最初只能常年通行300吨级船舶的五级航道，已经升级成能够常年通行2000吨级船舶的二级航道。而且川滇两省已经商定在不久的将来，将其升级为可以常年通行3000吨级船舶的一级航道。
水富港的吞吐量，也实现了快速增长。始建于1974年的水富港，最初设计年吞吐量65万吨，经过多次扩建后，2020年完成货物吞吐量677万吨，相较最初增长了10倍以上。预计到“十四五”结束时，水富港将成为千万吨级港口，是名符其实的云南第一大港。
同样的，得益于广西、贵州近年来对水运的重视和投资，目前珠江水系的航道已经延伸到云南境内。目前南盘江已经建成可通行300吨级船舶的五级航道，按照相关省份的规划，在2030年之前就会升级成通行500吨级船舶的四级航道。至于是否会升级成千吨级的三级航道，目前还没有看到相关规划公告。
对于云南来说，在珠江水系更值得期待的，是位于右江之上的富宁港。富宁港虽以富宁县为名，但实际上位于离富宁县城直线距离50多公里之外的县境东侧剥隘镇。这里是百色水库的库区，水面宽阔，水位很深，十分有利于建港。
目前右江已经完成航道整治，百色水利枢纽以下已经全程渠化，建成了可通行千吨级船舶的三级航道。等到百色电站船闸建成，富宁港即可实现常年通行千吨级船舶，其运能和吞吐量都会大幅上升，成为500万吨级港口。
不过受地理位置和地形条件限制，云南在航道延伸方面仍然困难重重。近年来随着“西电东送”西南电力基地的建设，金沙江和澜沧江上建设了一系列电站，形成了长数百公里的深水库区，水深条件就是万吨轮都没有问题。
但是受深“V”形的狭窄河道和数百米高的高坝影响，除金沙江梯级电站末端的向家坝建有船闸外，其它电站均未建船闸。因此库区实际上并不能连通，只能开展短途航行。至于出境河流，则情况更为复杂，要建成可通行较大吨位船舶的高等级航道，那就谁也不知道会是何时了。
不过凡事都有两面性，有不利的方面，则必然有有利的一面。对于云南来说，可通江达海的港口少，也就意味着资源可以相对集中。可以集中资源建设与港口相配套的公铁运输体系和货场堆栈，在航道维护方面的投入也少。相应的成本也就降低了，投入产出比相对其他省份更高，更容易实现盈利。
