【原】如何高效又简单地省时地获得SRA公共数据的Fastq格式数据

如何高效又简单地省时地获得SRA公共数据的Fastq格式数据

陈胖子

下载NCBI SRA数据库上的公共数据，整体上还是大部分搞数据分析，又想灌水的人必做的一个事情。

其实直接使用官网推荐的工具aspera，确实是可以直接从SRA或者EBI等网站直接以非常高效的方式下载自己想要的数据，教程网络大吧，所以这个推送就到这里了。下个月再见。。。

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aspera其实...对于相当部分人来说，安装到配置上，都还是麻烦。我其实，只用过一次，后面就没用了。一般来说，我是直接使用linux下面的多线程下载工具axel。

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常见做法

1. 从NCBI下载.sra格式的数据

2. 使用SRA toolkit 转换成 Fastq.gz 格式

省时做法

1. 直接查看EBI是否有对应地NCBI SRA记录号地数据

2. 使用aspera或者axel高速下载

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嗯，之前有朋友特意提醒了我，我并不是一个愿意分享地人，说得太对了。以下附上一个链接，直接替换掉其中地SRR号，即可获得对应地信息表格，自行写个小脚本（直接提供脚本？我要做一个真的不影响别人自学的人），解析就可以了，虽有直接axel多线程下载就可以了

http://www./ena/data/warehouse/filereport?accession=SRR771924&result=read_run&fields=run_accession,fastq_ftp,fastq_md5,library_name