写在前面Pfam 报错解决方法Pfam作为常用蛋白质结构域筛选的软件之一,这里记录使用遇到的问题 一. 安装要点1. 安装 PfamScan① 解压即可,并将pfam_scan.pl 第一行设置为 环境 perl vim pfam_scan.pl 将 #!/usr/bin/perl 改为—> #!/usr/bin/env perl ② 将 Pfam 模块加入到 PerlLib, 修改bash_profile
vim ~/.bash_profile
export PERL5LIB=/path/to/pfam_scanDir:$PERL5LIB
修改后执行
source ~/.bash_profile 笔者的如下:
2. 安装 hmmer3下载 hmmer3 下载地址自行百度,解压阅读README.md并安装 如果安装不了,下载二进制版本百度自行搜索 hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64 解压即可 导入环境变量 export PATH=~/tools/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/:$PATH 3. 下载Pfam库下载 Pfam-A.hmm 并解压,并执行 hmmpress Pfam-A.hmm
同时下载 Pfam-A.hmm.dat 文件,将其与 Pfam-A.hmm 放在同一目录下,
然后调用 pfam_scan.pl ,可以成功:
注意:① 一般文件Pfam-A.hmm 和Pfam-A.hmm.dat 不在同一目录下,或者某文件丢失会出现如下报错:
② Pfam-A.hmm 数据库可以使用软连接
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