【原】Hisat2-Align 完成！-Win / Mac, 成功伴随失败。

前两天推了下 Hisat2-build 插件，目前尚未对任何人开放。事实上，同一天，我也完成了 Hisat-Align，也就是，可以直接在 Windows 下跑Hisat2了。最近事情比较多，我抽空试了一下，大体简单提一下几点，后面有时间了，再写写推文吧。

1. 香蕉基因组（~500Mb），建立索引，估计需要不到 1G 内存 - 可以说绝大多数非模式生物，应该都能用，假设你有 8Gb 内存，那么你可能做6Gb以下的基因组索引构建问题不大（猜测）。当然，索引其实可以让别人在服务器给你构建好，那就。。。不在担心。

2. 我开了 4 个线程进行比对，大概花了 5min 完成比对，用不超过 700Mb 的内存 - 说实话，真的有点快，可能是因为我直接在固态硬盘上跑的吧。

3. 在windows下，系统文件类型的限制，尝试了非常非常多种方式和想法，无法解决 fifo 的问题，所以不支持.gz 压缩的读段文件，这意味着fq.gz 必须解压之后再align

4. 尝试修改 hisat2 源码，看了下设计之后，调整并失败。相比于 bowtie （hisat2 复用了大量bowtie源码），hisat2 的抽象程度更高了。

5. 使用 java code，尝试直接排序 hisat2 输出的 sam 文件，花了十几分钟，我觉得对于一个 sam 文件（13Gb），这个时间还是太长。选择舍弃这块。
   最后，附上两张图，说明 TBtools 的 Hisat2 部分基本完结。

最后呢，

最近一直在想，TBtools 可能挺适合 课堂教学 演示？