登国六年（公元391年，东晋太元十六年）正月，贺兰部发生内讧，贺染干企图谋杀贺讷取而代之，贺讷也很快得到了消息，于是贺讷、贺染干兄弟两反目成仇，开始相进攻。原本这只是北方草原上常见的部落内讧，但却引起了周边两股强大势力，北魏和后燕的强烈反应。拓跋珪自请为向导，请后燕出兵讨伐。于是这年二月，慕容垂派出慕容麟统兵进攻贺讷，命镇北将军兰汗率龙城之兵进攻贺染干，准备趁机征服贺兰部。
后燕出兵还情有可原，拓跋珪这么做却颇让人费解了，贺兰部是拓跋珪母亲的娘家，当初拓跋珪也是在贺兰部的支持下才重建代国的，即便贺染干和拓跋珪关系不佳，但贺讷好歹也算对拓跋珪不薄。拓跋珪为什么要连贺讷一起对付呢？原来当初拓跋珪讨伐叱突邻部时，贺讷兄弟担心拓跋珪势力越来越强大，会威胁到自己，于是率诸部去救叱突邻部。但被拓跋珪击败，贺讷一度向西逃遁。但当刘卫辰派遣儿子刘直力鞮攻打贺讷时，拓跋珪又率军去救。两家的关系可以说十分的微妙，这次让后燕出兵，则可以帮拓跋珪消除贺兰部这个隐患的同时保全拓跋珪的名声，毕竟贺讷兄弟两是拓跋珪的舅舅，拓跋珪自己动手还是说不过去的。
面对后燕大军，贺兰部很快就败下阵来。四月，兰汗在牛都大败贺染干。六月，慕容麟在赤城大败贺讷，将其活捉，贺讷的部落几万人向后燕投降。就在慕容麟大获全胜之际，拓跋珪也出兵了，按照《魏书》的记载，说拓跋珪是去救贺讷的，但考虑到当时两国关系，拓跋珪此举可以理解成，作为同盟国的支援。打了胜仗，当然要瓜分战利品了，但这时候拓跋珪和慕容麟却发生了争执。慕容麟觉得敌人都是他击败的，贺兰部的人口、牛马当然都归他，但拓跋珪认为两国是盟友，自己也出兵了，而且贺讷等人还是自己的舅舅，自己当然也要一份。双方争执不断时，慕容垂下令，贺兰部一分为二，贺讷所部留在草原归拓跋珪，贺染干所部迁移至中山，燕魏两家平分。拓跋珪就这样不费吹灰之力解决了贺兰部。
但拓跋珪的举动却让慕容麟很不高兴，回到中山后他对慕容垂说：“臣观拓跋珪举动，终为国患，不若摄之还朝，使其弟监国事。”尽管慕容垂没有同意慕容麟这一建议，但两家不和的苗头却已经埋下。这年七月，后燕将北魏来使，拓跋珪的同母异父兄弟拓跋觚扣留了，以此向北魏所要名马，但遭到了拓跋珪的拒绝。拓跋觚自此一直遭后燕扣留，两国关系更是急转直下迅速恶化。为了对付强大的后燕，拓跋珪转而和后燕的死敌西燕结盟。在此期间拓跋珪先后击败柔然，消灭刘卫辰，使北魏国力愈发强盛，更有底气和后燕较量。西燕灭亡后，华北一带只剩北魏与后燕两国互相对峙，魏燕之战一触即发。
终于，在登国十年（公元395年，东晋太元二十年）五月，北魏、后燕兵戎相见。慕容派太子慕容宝、辽西王慕容农、赵王慕容麟率兵八万，向五原出发向，大举进攻北魏，并派范阳王慕容德、陈留王慕容绍另外率领步、骑兵一万八千人作为后继部队。面对后燕这么大的军事行动，拓跋珪连忙召集群臣商议。长史张兗认为后燕此次前来是十分轻视北魏的，所以应该利用这点是他们更轻视北魏，这样才能战胜他们。拓跋珪采纳了张兗的意见，主动撤退示弱，率众到河西避战。没遭到抵抗的后燕军，于七月到达五原。在那里收降魏别部三万多家人，又征收谷物及造船打算渡河进攻。
就在后燕看似胜利在望之际，拓跋珪开始行动了，他先是整顿军队然后进军黄河边，与后燕军形成对峙，随后派许谦向后秦请求援兵。因为后燕大军出征时，慕容垂已经患病，所以拓跋珪又派兵堵截后燕军与后燕都城中山的道路，并抓住取道去前线的燕国使者，截断后燕国内和前线的联系，慕容宝见国内久久没有消息以为出什么事了，这时拓跋珪就逼令抓到的使者向后燕军谎称慕容垂的死讯，结果慕容宝等人信以为真，后燕军军心动摇，慕舆嵩等人更是企图发动叛乱。尽管慕容宝平定了叛乱，但经过这一折腾，后燕军内部互相猜疑，将士们无心恋战。慕容宝只好在十月辛未日，下令焚烧战船，趁夜撤军回国。
因为当时黄河上的冰还没有冻住，慕容宝认为魏军一定不能渡过黄河来追击他们，就没有派出侦察部队，拓跋珪的大军也确实无法进行追击。但到了十一月己卯日，风云突变，随着大风的到来，气温骤降，黄河竟然结冰了。拓跋珪当即下令渡河并派二万多魏军精骑追击后燕军。此时的后燕军如果提高警惕，北魏其实机会不大。但慕容麟心怀鬼胎并没有设防断后，这就使得北魏军悄然接近了后燕大军。十一月乙酉日黄昏时分，北魏军追至参合陂西边。后燕军驻扎在陂东的蟠羊山南面的河旁。拓跋珪于是连夜部署各个将领，准备偷袭后燕军，他让士卒们含着枚，扎紧马口，暗中接近燕军。第二天清晨，北魏军登上山头，对后燕军发起进攻，毫无防备的后燕军被打得大败，死了数以万计。为了防范后燕军逃跑，拓跋珪早已命令略阳公拓跋遵率部横阻在逃亡后燕军的前边，后燕军四五万人马立刻放下武器束手就擒，慕容宝和几千后燕军侥幸逃脱。此战俘获大量后燕将士及其宗室官员。拓跋珪留下了其中的有才之士后，听从中部大人王建的建议，将四万降兵全部坑杀。
北魏虽然大获全胜，却也招致了后燕的报复，登国十一年（公元396年，东晋太元二十一年）三月，慕容垂亲自领兵讨伐北魏，准备报参合陂惨败之仇。这次面对战神一般的慕容垂，北魏吃不到好果子，节节败退。平城失陷，骁勇善战的陈留公拓跋虔战死。慕容垂又派慕容宝等进逼拓跋珪。北魏形势岌岌可危，拓跋珪惊恐万分，准备逃离盛乐避兵，更令拓跋珪担忧的是，其内部也人心思动，北魏到了灭亡的边缘。结果这时，上天又一次眷顾了拓跋珪，慕容垂在目睹参合陂的惨状后口吐鲜血发兵，后燕只得撤军，没多久慕容垂就病逝于上谷，北魏的危机就这么化解了。
逃过一劫的拓跋珪在这年七月，建天子旌旗，改元皇始。新的年号意味着新的开始，拓跋珪将目标放在了后燕所占的中原大地。
