前段时间,我们对于批次效应有关的东西进行了一些介绍。其中包括 对于经常使用的TCGA数据库而言,同样也有批次效应存在。对于这样的批次,在公布之前也经过一定的处理的。但就和我们之前介绍的
对于TCGA的数据同样也可能存在这样的情况。最近有人把TCGA-miRNA的数据进行了重新批次效应的检测和分析 按照这个文章来说,经过分析,能看到与正常样本相比,肺肿瘤组织中报告的肿瘤抑制性 isomiRs 的显著下调。这个也说明了批次去除的重要性。 关于这个结果对于我们来说不是很关心的,重要的其实还是作者把重新去除批次的数据放到来了GEO数据库里面(GSE164767),在这个里面就可以下载作者重新分析后的数据了。 GSE164767在GSE164767 当中,我们可以在Overall Design 当中了解作者是具体怎么分析数据的。 在这个里面主要是要确定的是对于IsomiR的过滤。 因为下面作者在提供分析后的数据的时候,也是基于这个标准来的。 好了,以上就是这个数据集的简单介绍了。如果要有分析TCGA-miRNA数据的话,除了最基本的数据分析。同时也可以参考使用这个数据试一下的哈。 |
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