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细菌杀菌剂的种类和数量众多，在植物的根际和地上各部分都大量存在；其生长速度以及在不同条件下利用各种类型养料的能力比其他种类微生物都强，这对于它们占领空间和生存竞争十分有利。细菌大都可以人工培养，便于控制。正是细菌有上述优点，使它在植病生物防治上具有无限的潜力。目前用作生物杀菌剂的拮抗细菌主要有以下几类。该菌在北美和欧洲作为土壤病原菌的拮抗剂的应用已经取得了初步成功。枯草杆菌制剂是作为种子处理试剂出售的，商品名有Gustafson公司生产的Kodiak和Quantum4000以及尤尼罗伊公司生产的System3。该产品可用于多种大田作物，但主要是棉田。AgraQuest最近推出一种枯草杆菌QST713菌株杀真菌制剂，商品名为Serenade,可以茎叶喷雾。中国由枯草芽孢杆菌经培养发酵后加工成固体状细菌杀菌剂，对水稻稻瘟病、甘蓝黑腐病等真菌病害有效。还可用于防治黄瓜白粉病、草莓白粉病和灰霉病、水稻纹枯病和稻曲病、三七根腐病和烟草黑胫病等。除了杀菌外，它还具有促进根系生长的作用，可作为水稻生长调节剂。菌株K84在1973年就被大规模生产，用来防治由根癌病土壤杆菌引起的感染。例如可用于防治桃树根癌病。1979年在美国环保局注册。菌株K1026由澳大利亚科研人员培育。它是一种棒状的、有鞭毛的革兰阴性菌，广泛分布于土壤之中。K84菌株和K1026菌株都能分泌一种抑制物，它能抑制病原菌DNA合成。地衣芽孢杆菌又称为“201”微生物，是一种对人畜十分安全的细菌杀菌剂。对黄瓜及烟草的多种病原菌（如炭疸病菌等）有效。目前市场销售的为1000U的地衣芽孢杆菌发酵液通常与蜡状芽孢杆菌混配成制剂上市。此假单胞菌主要用于防治水稻纹枯病等病害。还可防治各种细菌病害，荧光假单胞杆菌可用于防治番茄青枯病、烟草青枯病和小麦全蚀病。枯草芽孢杆菌BS-208是一种能稳定地在植物表面定殖、产生抗生素、分泌刺激植物产生生长激素并诱导寄主产生抗病性的微生物杀菌剂。BS-208制剂作用方式是以菌治菌，通过芽孢杆菌产生的广谱抗菌物质进行位点竞争和诱导抗性等机制达到防治病害的目的。芽孢杆菌在根、茎、叶等植物体内具有很强的定殖能力，通过位点竞争阻止病原菌侵染植物，同时在植物根际周围和植物体内不断分泌抑制或杀灭病原菌的广谱抗菌物质；它还能诱导植物不仅可产生促生长物质，而且还具有固氮的作用，这是BS-208对植物具有促进生长、增产等药肥作用的重要机理。BS-208的产业化开发，解决了农作物细菌性病害、土传病害和根部病害的防治技术难题，从而为生物综合防治疑难病害找到了一个新的方法和途径，为农民防治农作物疑难病害带来福音。国内外枯草芽孢杆菌防治植物病害的种类，主要包括土传病害和根部病害、叶部病害、树木果实病害等类。如，美国用Bs处理多种作物种子，平均产量增加39%,根病明显减轻；日本用Bs及其分泌物防治西红柿立枯病获得良好防效；北京大学和河南省农科院报告Bs对小麦赤霉病、西瓜枯萎病、烟草青枯病、棉花枯萎病等多种病害有良好的田间防治效果，并有明显增产效应。主要用于种子处理或移栽前土壤处理试剂，防治各种土生性真菌和线虫病原体。它能侵入植物根围，阻止病原菌在植物根系周围的生长。它是由日本推广的一种非致病性菌株，商品名为Biokeeper,可以阻止病原菌株侵入中国甘蓝。其作用原理是非致病菌与致病菌间潜在的侵入位点竞争。
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