材料: 亲本: Magellan ×PI 438489B 子代:RIL群体(246个子代个体) 测序 亲本测序深度13.5X,子代 0.19X 性状 抗豆根受线虫病 246个重组自交系的Bin map,红色来自感病亲本,绿色来自抗性亲本。B图是A图基础上放大的效果图。白色的线是重组区(重组间隔),两个重组间隔之间即为一个Bin,以Bin为标记作图。 3509个bins,每个bin平均包含着31个SNPs,R/QTL 包构建连锁图,该连锁图覆盖了大豆基因组2314cM,平均图距为0.66cM。 定位结果 在群体足够大的情况下,采用重测序的方法测序定位效果会更加精细;寻找非同义突变位点,缩小候选区域;一步到位,直接获得候选区域序列信息。 标记层面 重测序可以高效开发双亲之间的SSR,InDel标记同时检测SV,CNV变异信息;SSR,InDel标记检测操作相对于CAPS,dCAPS标记更加容易,一般实验室就能顺利完成。 分析内容 可以与参考基因组和近缘物种进行共线性分析,尤其是与近缘种进行共线性分析时可以挑出同源片段,深入研究这些保守片段的分子结构和特点。 辅助组装 利用亲本的高深度序列信息(30X)可以完善参考基因组序列信息,辅助和纠错基因组装工作。 参考文献 Xu, X., et al. (2013). Pinpointing genes underlying the quantitative trait loci for root-knot nematode resistance in palaeopolyploid soybean by whole genome resequencing. PNAS, 110(33), 13469-74. |
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