候选功能基因筛选和验证集锦

大家在进行功能基因定位的时候，

是不是遇到过定位的区间大，

区间内包含的基因非常多的尴尬情况呢？

这个时候是不是会有一种无从下手的感脚？

为此，图谱君整理了功能基因筛选和验证的方法，希望能够给大家提供一种思路。

1、非同义突变基因筛选：对候选区域内含有非同义突变的基因进行初步筛选。

2、转录组测序:亲本进行转录组测序，寻找亲本表达差异的基因与QTL关联基因的一致的候选基因。

3、qRT-PCR：qRT-PCR（Quantitative real time polymerase chain reaction，qRT-PCR）技术已成为国际公认的核酸分子定量的标准方法，能够专一、灵敏、快速、高重复的精确定量起始模板的浓度，可用于miRNA、mRNA、lncRNA、circRNA及DNA等分子定量检测。

4、QTL区域内SNP图谱构建：在定位的区间内，利用KASP技术对群体进行SNP分型并排图与性状进行QTL定位，进一步筛选候选基因。

5、BSA与遗传图联合分析：利用BSA与遗传图联合分析的方法进行关联区域缩小，筛选出更加可靠的候选基因。

6、遗传图和GWAS联合分析：利用遗传图和GWAS联合分析的方法进行关联区域缩小，筛选出更加可靠的候选基因。

二

功能基因验证

1、利用蛋白质免疫印迹法验证基因功能。

2、通过转基因验证基因功能：将候选基因如抗病性状转入到感病的个体中，进行表型鉴定，来确定基因的功能。

3、利用RNA干扰和转基因技术验证。

4、RNA-seq测序分析候选基因功能GO富集：将亲本表达差异并且是关联的候选基因进行GO功能富集分析。

5、亲本一代基因克隆测序：将亲本中候选基因的序列测出，检测候选基因的序列差异。

6、构建NIL群体：利用相对性状（抗旱和敏感）亲本杂交，并不断回交构建NIL进行表达和性状鉴定。

7、标记开发验证。