微波冻干技术亦称微波真空冷冻干燥技术，微波冻干设备真正能将其用于工业生产的产品不多，大多数设备只是用于实验研究。工业化应用进程的受阻，其主要原因是微波冻干技术存在一些问题缺点：
1、微波加热量不好控制，易造成物料温度过高，超过共融点或崩解温度，从而影响冻干的进行；
2、微波加热过程中还会产生辉光放电等现象；
3、为优化和控制微波冻干工艺，需要准确地测量物料干燥过程中的温度变化，但微波场的存在给温度测量带来了困难。常规测温方法( 如热电偶和热电阻测温 ) 在微波场中会产生以下问题 :
①由于微波场中的元件发热，传感器得到的温度并不能真实地反映物料的温度；
②高频电压和电流对温度信号产生强烈的干扰；
③金属导线在微波场中可能发生短路、 放电现象并可能烧毁测温元件 。
4、在于经济方面的原因, 微波冻干尽管在技术上具有优势 , 但经济上能否获得效益, 还需要从技术经济的角度进行分析。 
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