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通过人工接种微生物菌剂可以缩短发酵周期、减少异味，实现微生物菌剂促进秸秆腐熟的目的。早在20世纪40年代，美国就有人通过接种菌剂使堆肥时间缩短1～3d,日本研制的酵素菌产品具有促进秸秆腐解的功能。包括我国在内的腐熟菌剂几乎都是针对堆置条件下腐熟秸杆混合物料而研发生产的产品。该产品标准当时是针对堆置腐熟方式制定的，所提的主要技术指标虽然偏低（仅要求0.5亿个/g和相应酶活指标）,但菌剂施用量一般在2‰～5‰,且菌剂在堆腐条件下也有利于菌的再繁殖，因此堆肥的效果一般还是比较稳定的。 多数做法是：将水稻、小麦等秸秆直接平铺还田，有的还加以简单切段处理，或埋于摘沟（20cm×20cm小沟）,然后每亩撒施2kg有机物料腐熟菌剂以促进秸秆的腐解，以达到不影响下一茬作物的种植、移栽、生长，实现提高产量、提升土壤有机质和土壤肥力等综合效果。同时，还必须考虑到秸秆还田的生态环境，如水田还是旱地和温度条件等。在秸秆直接还田模式下，从近几年应用实践来看，腐解效果不是非常稳定，其原因之一是有效菌含量偏低，每亩用量仅2kg。在堆肥处理方式中，菌剂的施用是在可控制的条件下进行，一般可对堆肥发酵的有关参数进行调节，以充分发挥菌剂的作用。而在秸秆直接还田方式中，菌剂施入田间是在一个开放的环境中，秸秆腐解没有一个明显的升温过程，菌剂受到阳光、昼夜温度、水分等的影响更大，与堆肥处理方式发生了明显的变化，这极大影响腐熟菌剂的作用效果。一般在有水的条件下，施入菌剂腐解效果也许会好一些；而在旱地条件下效果一般很难保证。
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